1948年7月，黑龙江农业干部学校成立，校址克山西门外。
1949年，迁到北安北岗。
1956年，改建为北安农学院，4月30 日全院师生隆重召开农专改学院大会，热烈庆祝北安农学院的诞生。设有土化和农学两个系。
1958年4月，学校划分出一部分师资力量迁移长春与当地几所学校组建吉林农业大学。之后学校还叫过东北农学院嫩江分院。
1956年，学校又有部分资源迁移齐齐哈尔组建齐齐哈尔农业学校今黑龙江畜牧兽医职业学院。
1964年，学校资源再次从新划分出一部分师资力量组建了牡丹江师范学院。
2003年初，北安农校与水产学校组建黑龙江农牧水产职业学院。
2004年4月，更名为黑龙江生物科技职业学院。
2008年，学院在教育部高职高专人才培养工作水平评估中获得优秀。
2011年，学院成为黑龙江省首批骨干高等职业院校建设单位。
2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。
2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。
师资力量
截至2017年9月，现有专任教师333人，教授28人，副教授128人，“双师素质”教师216人。有省优秀中青年专家1人，省级教学名师7人，全国农业职业教育教学名师2人，省级、委级、院级学术带头人35人，博士、硕士学位以上教师占教师总数的59.76%，位居全省高职院校第一。
黑龙江省高校名师：蔡长霞等
黑龙江省级教学团队：水产养殖专业教学团队（2007年）、兽医专业教学团队（2010年）
国家级教学团队：鱼类养殖技术教学团队（
院系设置
截至2017年9月，学校设有生物制药系、食品生物系、畜牧兽医系、农学系、水产技术与环境工程系、经济管理系、信息工程系、建筑工程系共8个系和基础部、政教部、体育部，开设39个高职专业。
专业设置：
食品营养与检测、食品加工技术、食品质量与安全
计算机应用技术、软件技术、移动通信技术、广告设计与制作、物联网应用技术、大数据技术与应用、工业机器人技术
报关与国际货运、金融管理、会计、电子商务、物流管理、旅游管理
中药生产与加工、绿色食品生产与检验、作物生产技术、无人机应用技术、园艺技术、园林技术
药品生物技术、药品生产技术、药品质量与安全、药品服务与管理、中药学
动物医学、宠物养护与驯导、畜牧兽医
水产养殖技术、水生动物医学、环境监测与控制技术、环境工程技术
建筑室内设计、建筑动画与模型制作、建筑工程技术、工程造价
