1919年8月，借国民师范为校址，设立山西医学传习所。由时任山西省督军兼省长阎锡山创办。
1932年1月，改为私立山西川至医学专科学校。
1940年3月，更名为山西大学医学专修科。
1946年8月，升格为国立山西大学医学院。新中国成立后，学校步入了一个崭新的发展时期。
1953年9月，独立建校，更名为山西医学院。
1955年全国高校院系调整时，山西、江苏、山东、浙江四所医学院的卫生系合并组建了山西医学院卫生系，成为全国保留有卫生系的六所高等医学院校之一，并由全国著名卫生学专家、国家一级教授、原江苏医学院院长邵象伊担任院长。
1996年4月，更名为山西医科大学。
2015年1月30日，山西省编办下发文件，批准山西医科大学第三医院并入山西医科大学第二医院。
2015年6月23日，山西医科大学与上海市东方医院正式签约，成立“山西医科大学上海东方临床医学院”。该学院设在上海市东方医院，山西医科大学将选送部分本科生和研究生到学院进行学习和培养。
校本部
2016年12月16日，山西高等医学教育资源联盟成立暨人文引领健康山西行动学术会议在山西医科大学举行，以山西医科大学为牵头单位，长治医学院、山西中医药大学、山西大同大学、山西医科大学汾阳学院和山西职工医学院共同发起成立了山西高等医学教育资源联盟。
2017年9月28日，山西省编办下发文件，批准山西省汾阳医院成为山西医科大学直属附属医院。
2017年11月14日，山西省编办下发文件，批准山西医科大学依托太原钢铁（集团）有限公司总医院设立山西医科大学第六医院，由山西医科大学管理。
新校区
2017年12月6日，山西医科大学汾阳医院、山西医科大学汾阳临床医学院，山西医科大学第六医院、山西医科大学第六临床医学院相继挂牌。
2018年3月，山西省编办下发文件，批准临汾市人民医院、运城市中心医院、太原市中心医院、忻州市人民医院、吕梁市人民医院、晋中市第一人民医院、太原市精神病医院（山西省精神卫生中心）等7所三级甲等地市级医院或专科医院成为山西医科大学直属附属医院 。
院系专业
截至2018年，学校现有5个国家级特色专业建设点：临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学。26个本科专业：临床医学（五年制、“5+3”一体化）、预防医学、法医学、口腔医学、儿科学、医学影像学、麻醉学、护理学、精神医学、药学、中药学、临床药学、药物制剂、医学检验技术、医学实验技术、医学影像技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗学、运动康复、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向、健康产业管理方向）、劳动与社会保障、英语（医学方向）。
另有10个省级重点学科、9个省级重点实验室，10个省级实验教学示范中心，2个省级虚拟仿真实验中心，1个省级协同创新中心，2个省级工程研究中心，1个省级人文社科重点研究基地，1个省级研究所。
教学单位
| 山西医科大学第一临床医学院 | 山西医科大学第二临床医学院 | 山西医科大学汾阳学院 | 山西医科大学基础医学院 |
| 山西医科大学公共卫生学院 | 山西医科大学药学院 | 山西医科大学法医学院 | 山西医科大学护理学院 |
| 山西医科大学研究生学院 | 山西医科大学人文社会科学学院 | 山西医科大学继续教育学院（职业技术学院） | 山西医科大学口腔医学系 |
| 山西医科大学儿科医学系 | 山西医科大学麻醉学系 | 山西医科大学医学影像学系 | 山西医科大学外语系 |
| 山西医科大学体育教学部 | 山西医科大学计算机教学部 | 山西医科大学信息管理系（图书馆） | 山西医科大学临床技能教学模拟医院 |
| 山西医科大学晋祠学院 |
附属单位
| 山西医科大学第一医院 | 山西医科大学第二医院 |
| 山西医科大学口腔医院 | 制药厂 |
首任校长
杨兆泰 (1880-1936) 字阶三，山西新绛人。首任山西医学传习所、山西医学专门学校、山西医 学专科学校校长。曾任山西省财政厅厅长兼国民政府内政部长。
现任领导
张俊龙 党委书记
李思进 校长
王 军 党委副书记
贺培凤 党委副书记
党志峰 党委常委、纪委书记
王宏伟 党委常委、 副校长
解 军 副校长
张 辉 党委常委、副校长
张 宏 党委常委、副校长
郭 政 正校级调研员
