怀化医学高等专科学校的前身为长沙仁术护校，创建于1924年。
1949年国家接管更名为湖南省立长沙高级护士、助产职业学校。
1951年8月与湖南省卫生技术学校长沙医士部合并成湖南省长沙卫生技术学校。其后，经历了湖南省第二卫生学校，湖南省长沙卫生学校，湖南省卫生学校。
1961年与黔阳卫生学校合并为省属的湖南省黔阳卫生学校。
1972年更名为黔阳地区卫生学校。
1981年搬迁怀化而更名为怀化地区卫生学校。
1998年怀化撤地设市，学校随之更名为怀化卫校。
2000年经国家教育部批准，在原怀化卫校的基础上建立并升格为怀化医学高等专科学校。
2014年升格为本科院校并更名为湖南医药学院
院系设置
截至2016年4月5日，学校现设有临床医学院、护理学院、药学院、检验医学院、康复医学与保健学院、基础医学院、公共课部、思想政治理论课部(人文社会科学部)、继续教育学院（高等职业教育学院）等9个二级教学院部；有民族医药研究中心、生物医学研究中心等2个校级科研机构，侗医药研究湖南省重点实验室1个。学校是国家执业医师临床技能考试基地。
学校现开设临床医学、护理学、药学、医学检验技术、医学影像技术、康复治疗学等6个本科专业，临床医学、口腔医学、医学影像技术、护理、助产、药学、药品经营与管理、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、针灸推拿、医学美容技术等11个专科专业。
| 院系名称 | 专业设置 |
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| 临床医学系 | 医学影像技术专业 口腔医学专业 临床医学专业(妇幼保健方向) |
| 护理系 | 护理专业 助产专业 |
| 药学系 | 医药营销专业 药学专业 |
| 医学检验系 | 医学检验技术专业 卫生检验与检疫专业 |
| 针灸推拿美容系 | 针灸推拿 医疗美容技术 |
| 基础医学部 | |
| 公共课部 | |
| 成教部 | |
现任领导
党委书记：
| 毛克平
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院长：
| 唐圣松
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党委副书记：
| 梁晓明
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党委委员、副院长：
| 贺韶伶
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副院长：
| 申小青
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党委委员、纪委书记：
| 黄慧英
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党委委员、副院长：
| 虢剑波
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党委委员、副院长：
| 马晓健
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党委委员、副院长：
| 张在其 |
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