1956年3月，创建杭州航空工业财经学校，隶属第二机械工业部。
1958年6月，学校更名为杭州航空工业学校，隶属第一机械工业部。
1958年12月，学校下放更名为浙江电机专科学校，隶属浙江省机械厅。
1961年4月，更名为浙江机械工业学校，隶属浙江省机械厅。
1962年11月，中央回收，隶属第三机械工业部。
1963年3月，划归第四机械工业部管理。
1965年1月，更名为杭州无线电工业管理学校，隶属第四机械工业部。
1970年2月，学校改厂，更名为学军机器厂，隶属第四机械工业部。
1973年5月，中央批准恢复办校，成立杭州无线电工业学校，隶属第四机械工业部。
1980年5月8日，国务院正式批准建立杭州电子工业学院，管理体制为“实行第四机械工业部、浙江省双重领导，以部为主的领导关系”。
2000年5月，学校管理体制实行重大变化，实行“省部共建，以省为主”的管理体制。并被浙江省列为重点建设的教学研究型大学。
2003年原杭州出版学校整体并入。
2004年5月，经国家教育部批准，杭州电子工业学院更名为杭州电子科技大学。
2009年学校成为新增博士学位授予权立项建设单位。
2015年被列为浙江省重点建设高校。
2016年，国家国防科技工业局与浙江省人民政府“十三五”期间继续共建杭州电子科技大学。
2017年8月，获批成为研究生推免单位。
院系设置
截至2018年4月，学校设置有20个学院及教学单位，举办1所独立学院。 名单如下:
| 学院设置 | 开设专业 |
| 机械工程学院 | 车辆工程、机械制造及其自动化、海洋工程与技术、工业设计 |
| 电子信息学院 | 电子信息工程、电子科学与技术、电子信息科学与技术、集成电路设计与集成系统、光电信息科学与工程 |
| 通信工程学院 | 通信工程、信息对抗技术、信息工程 |
| 自动化学院 | 电气工程及其自动化、智能电网信息工程、自动化 |
| 计算机学院 | 计算机科学与技术、物联网工程 |
| 材料与环境工程学院 | 材料科学与工程、功能材料、环境科学、环境工程 |
| 生命信息与仪器工程学院 | 电子信息技术及仪器、生物医学工程、医学信息工程、测控技术与仪器 |
| 软件工程学院 | 软件工程 |
| 理学院 | 信息与计算科学、数学与应用数学、应用物理学、应用统计学、光电信息科学与工程 |
| 经济学院 | 经济学、统计学、国际经济与贸易、金融学、经济统计学 |
| 管理学院 | 工商管理、信息管理与信息系统、电子商务、工业工程(中德“3+1”培养)、工业工程、人力资源管理、市场营销、物流管理、保密管理 |
| 数字媒体和艺术设计学院 | 数字媒体技术、工业设计、产品设计、传播学、印刷工程、包装工程 |
| 人文与法学院 | 法学、社会学、编辑出版学、汉语国际教育 |
| 会计学院 | 会计学（国家特色专业）、财务管理、审计学 |
| 外国语学院 | 英语、英语（复合型） |
卓越学院 | 理工实验班、经管实验班 |
| 网络空间安全学院 | 信息安全、网络工程 |
| 马克思主义学院 | |
| 信息工程学院（独立学院） | |
| 浙江保密学院 | |
| 体育与艺术教学部 | |
| 继续教育学院 | |
国际教育学院
| |
历任校长
| 姓名 | 任职时间 |
周晓光 | 1958.1-1961.4 任校长 |
周锡铭 | 1961.4-1966.2 任校长 |
郑 廉 | 1973.12-1978.10 任校长 |
蒋葆增 | 1980.5-1982.12 任校长 |
王祖耆 | 1983.1-1988.4 任校长 |
周行权 | 1988.4-1993.7 任校长 |
严晓浪 | 1993.7-1999.3 任校长 |
叶 明 | 1999.3-2003.6 任校长 |
薛安克 | 2003.6 至今任校长 |
