1951年，经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。
1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。
1953年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。
1957年1月，校址迁至昆明高峣办学，王天顺任校长。同年增设 "中医师资班"、"针灸师资训练班"、"中药调剂班"、"麻风防治干部训练班"和"卫生干部文化班"。
1958年7月1日，昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号
1958年，学校增设"保育训练班"和两年制"西医离职学习中医研究班"，王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后由吴佩衡担任校长，王多海任党总支书记兼副校长。
1960年5月，云南中医学院正式挂牌成立，吴佩衡任首任院长。
1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。
1964年2月，学校校址迁至白塔路6号(原昆明第一卫生学校校址)，占地30亩。
1971年至1976年，累计毕业三年制中医专业学生630人。
1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。
1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，关上新校区正式启用。
1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。
2005年，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设。
2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。
2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。
2018年12月11日，云南中医学院发文确认，该校正式更名为"云南中医药大学"。
办学规模
院系设置
2014年7月学院官网显示，学校设有11个院系及医学实验技术、中药学、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定、食品科学与工程和食品质量与安全、中医学、中西医临床医学、护理学、针灸推拿学、康复治疗学、市场营销、公共事业管理、应用心理学、物流管理、药学、制药工程、药物制剂、中医学(傣医学方向)、中医学(中医美容方向)、计算机科学与技术共计20个本科专业。
| 二级学院(共11个) |
|---|
基础医学院 | 中药学院 | 临床医学院 | 国际合作交流处(港澳台办)、国际教育学院(合署) |
护理学院 | 针灸推拿康复学院 | 人文与管理学院 | 继续教育学院、职业技术学院(合署) |
药学院 | 民族医药学院 | 信息技术学院 | |
历任领导
书记 | 在任时间 | 院长 | 在任时间 |
|---|
王奇 | 1960.12-1968.11 | 吴佩衡 | 1960.05-1971.04 |
军、工宣队 | 1968.12-1974.05 |
王奇 | 1974.06-1975.07 | 王奇 | 1974.06-1975.07 |
秦统兴 | 1975.07-1978.06 | 秦统兴 | 1975.07-1978.06 |
唐惠先 | 1978.06-1982.01 | 唐惠先 | 1978.06-1982.04 |
欧阳平关 | 1982.01-1983.11 | 戴慧芬 | 1982.04-1987.02 |
毕婉 | 1983.12-1987.11 |
王良 | 1987.02-1988.05 | 宣明盛 | 1987.03-1991.03 |
肖瑞崇 | 1988.06-1991.08 |
王子荫 | 1991.09-1993.03 | 肖瑞崇 | 1991.09-1995.05 |
高广 | 1993.03-1996.05 |
陈恩科 | 1996.05-2000.10 | 空缺 | 1995.06-2000.10 |
郭玉鉴 | 2000.10-2010.04 | 李庆生 | 2000.10-2010.04 |
| 杨建军 | 2010.04-2016.10 | 李玛琳 | 2010.04-2016.01 |
