同济初创
1893年德国医生埃里希·宝隆（Dr. Erics Paulum）来到上海，在德国总 领事馆附近开一诊所。后来，他与在上海的几名德国医生成立了“德医公会”。八国联军侵华时，德国运来大批医疗设备，聘请当时在上海负有盛名的宝隆医师，协助在沪成立了伤兵医院。德军归国时，为感谢宝隆，将伤兵医院的医疗设备悉数赠送给宝隆。
1900年，宝隆在德国驻沪总领事克纳佩（Wilhelm Knappe）的支持下，在张家浜新马路旁开办了有20张床位的医院。由中德双方出资，取名“同济医院”，宝隆任院长。1904年初，克纳佩在柏林与德国外交部、普鲁士文化部的代表以及柏林大学东方语言部主任进行了会谈。在谈到在中国推行德国教育政策时，克纳佩提出了在上海开办德国医科学校的计划。
1905年，德国外交部、普鲁士文化部就在上海开办德国医科学校一事达成共识。普鲁士文化部教育司司长阿尔特霍夫（Althoff）建立了“促进德国与外国精神文化关系科佩尔（Koppel）基金会”。该基金会直接受文化部监督，它的董事会主席是商务顾问科佩尔。科佩尔基金会不仅负责筹集钱款，而且对外以学校创办者的面目出现。
1907年3月，科佩尔基金会、促进在华德国文化工作委员会、上海德医公会和同济医院4方，在柏林签署了由普鲁士文化部起草的关于在上海建立德国医科学校的协定；1907年6月3日，“德文医学堂”董事会正式成立，董事会由18人组成。
1907年10月1日，医学堂举行了开学典礼，取名为“德文医学堂”。
1908年，“德文医学堂”改名为“同济德文医学堂”。“同济”当时寓意德国人与中国人同舟共济，“同济”二字从德语“Deutsch（德意志）”在上海话的谐音而来，意蕴合作共济。
1909年，宝隆博士因病于3月5日在上海逝世。上海德医公会元老福沙伯博士接任同济德文医学堂总监督兼总理。校董们为学校取名“同济”，意蕴和衷共济，希望用现代医学造福人类。
1912年，同济德文医学堂增设工科，更名为“同济医工学堂”，设医、工和德文三科。由校董事会筹措办学经费，由福沙伯全面领导学堂。当年，医正科三级学生张近枢、何理中、江逢治3人，按照德国大学医科考试规则参加学堂的第一次毕业考试，均顺利通过，如期毕业。他们是同济历史上的第一届毕业生。
1917年第一次世界大战进入尾声，1917年2月美国宣布与德国断交 ，不久对德宣战。上海法租界以同济医工学堂是德国的产业，为防止德国人利用该校机械制造武器为由，当众宣布解散学校，并限令师生当日离校。为此，社会各界联名致电教育部，请设法对同济学生作善后安排。教育部马上派人商议，把学校迁到吴淞镇，继续开学上课。1917年4月23日，教育部下令学堂改属华人私立学校，由华人董事会办学，直属教育部领导。同年12月，更名为私立同济医工专门学校。
1922年学校正式迁往吴淞镇。根据《宝山县志》记载：1917年同济德文医学堂由华董接管，迁入吴淞中国公学。1918年，在教育部次长袁希涛主持下，由教育部拨款，在吴淞购地150亩筹建校舍。1921年竣工后陆续迁入新校舍。
1924年05月20日，教育部批准同济医科为大学。因此，每年的5月20日定为校庆日。
国立时期
1927年8月，学校由南京国民政府教育部正式接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别更名为医学院、工学院。
1927年9月，同济大学开女禁，首招两名女生。
1932年1月28日，集结于上海的日军进攻上海，爆发了“一·二八”事变。在“一·二八”事变中，日军飞机狂轰滥炸，吴淞地区许多工厂、学校毁于一旦。同济大学主要建筑如大礼堂、电气试验室、材料试验室、部分宿舍及实习工厂等被炸毁，图书、机器、标本、模型等设备损失更为严重。寒假过后，新学期无法上课。在此情况下，胡庶华校长想方设法使全校师生暂迁市区巨籁路（今巨鹿路）民生坊继续上课。同时，师生们参加抢救军民伤员，以支援十九路军与敌作战；吴淞校舍在朱家骅的帮助下，很快得以修复。
1932年8月25日，学校迁回吴淞。
1933年5月，国民党政治会议议决，将处于江湾的国立劳动大学（1932年停办）的房屋、机器、工厂等划归同济大学，创办同济大学附设高级职业学校，后奉教育部令，改称“同济大学附设高级工业职业学校”。
1937年又先后增设了文、理等学院，从而成为了一所多学科的综合大学。当时的南京国民政府效仿美国的大学制度，以在每个省设立一所综合国立大学为目标。国立同济大学是民国建设国立大学期间最早建立的七所国立大学之一（1927年），也是中国近现代历史上最早的一批综合性大学（含医学院）。抗战爆发，美丽的同济校园在侵略者的轰炸中仅剩断壁残垣。
为求“一张平静的书桌”，学校于1937年开始内迁办学。经过三年流离、六次搬迁，先后辗转浙、赣、桂、滇等地，直至1940年落脚四川宜宾的李庄古镇。师生们教学不辍，坚持文化抗战。
1946年回迁上海以后，同济大学发展成为以理、工、医、文、法五大学院著称的海内外著名综合性大学。
院系调整
从1949年开始，为配合新中国教育资源统筹布局，同济大学历经多次院系调整。
1949年09月，文学院和法学院并入复旦大学，后来又随复旦大学支援了华东政法大学、上海财经大学等学校的建设。
1950年，为了支援湘鄂粤桂豫赣六省（中南区）医疗卫生事业，全部医学院和附属同济医院迁往湖北武汉，与武汉大学医学院合并后改名中南同济医学院和武汉同济医院（现为华中科技大学同济医学院）。
1951年, 理学院生物系并入华东师范大学，数学化学物理等系除了保留基本的工科教学以外，全部并给复旦大学、华东化工学院（现华东理工大学）等学校。
1952年，交通大学、复旦大学、圣约翰大学等高校的土建系、科、组并入同济大学。
1954年，恢复研究生教育。
1956年，工学院测量系迁往湖北武汉，参与建设武汉测绘科技大学，后并入武汉大学。1952年工学院的机械系、电机系和造船系等并入交通大学，还支援了南京工学院（现东南大学）等学校，后来一部分随交通大学西迁建设西安交通大学。1952年水利系与其他高校的水利专业在南京参与组建了华东水利学院，即河海大学。
1960年06月，被列为建工部重点高校。
1960年10月，被列为高教部重点工科院校。
1966年，划归高教部领导。
文革十年
1966年5月，全国开始了“无产阶级文化大革命”。在大动乱中，同济大学是重灾区，损失惨重。
1966年6月13日上午，上海市委所派的以陈琳瑚为组长的工作组进入同济大学。随即，工作组在“一·二九”田径场与师生见面，宣布暂停王涛的党委书记职务，由党委副书记侯东昇代替，并在大礼堂召开全体师生员工“声讨反党反社会主义黑帮分子王涛大会”。此后，集中力量斗王涛，同济大学动乱从此开始。
1966年8月9日，同济大学发生了“八·九”事件。
1966年8月22日，同济师生员工开始成立“红卫兵”组织。不久学校有组织的成立了全校性的红卫兵组织——红卫兵大队部。红卫兵纷纷走上街头进行“破四旧、立四新”的宣传活动，并在校内外对本校部分干部和教师进行多次抄家。
1967年6月2日，《文汇报》发表社论《上海高校文化大革命的胜利——祝贺同济大学革命委员会成立》。当天，革委会发出通告，宣布自1967年6月1日起，“同济大学的党、政、财、文各项大权归‘同济大学革委会’”。此后不久，各系及后勤、科研系统也相继成立革委会。至此，原来的教学、科研机构被砸烂，基本理论被全部否定。全校教学和科研活动几乎全部停止。
1970年8月，学校成立“财产清理小组”。全校统一行动，对学校的家具、设备进行清点登记。运动对学校造成极大的破坏。600多间宿舍里的灯泡全被损坏或拧走；部分门锁被拆，部分书架、床板、绘图板被做成私人木箱；校产、设备长期无人管理，部分被人挪用，部分损坏。
1968年3月6日，经上海市革委会批准，成立了“中共同济大学核心小组”，这是市革委会批准的第一个高校党的“核心小组”。此后“整党”由“校革会”和“核心小组”共同负责。
1971年，学校取消原建工、建筑两系建制，将两系在校教师全部编入“五七公社”。
1972年起，学校开始接受国家有关部、委和上海市的科研任务和科研经费。
1975年，学校恢复招收研究生。
1976年2月，学校召开全校大会，批判科技界的所谓“奇谈怪论”及“三项指示为纲”。
继往开来
1979年，经国务院同意，恢复对德联系，成为中德科技、文化交流的窗口。
1995年10月，国家教委和上海市人民政府正式宣布共建同济大学。
1996年07月，原上海建材工业学院和上海城建学院并入同济大学。
2000年，原上海铁道大学与同济大学合并，同时成立新的同济大学医学院，重建医科。
2001年12月，教育部正式批准将同济大学列入创建世界一流大学（即“985工程”）名单。
2003年11月，原上海航空工业学校划归同济大学，所有资产由同济大学接管。
2004年，被中组部列为副部级高校。
2004年09月，嘉定校区启用，同济大学软件学院以及汽车学院首批入驻。
2005年07月12日～08月22日，机械、电信、交通等第二批搬迁学院顺利入驻嘉定校区。
2007年5月20日，同济大学迎来百年校庆。庆祝大会在同济大学[4]大礼堂举行，习近平出席庆祝大会并致词。时任中共中央政治局常委，国务院总理温家宝亲自前往同济大学，看望师生员工，祝贺同济大学百年华诞。
2010年，教育部和上海市宣布继续共建同济大学。[5]
2017年5月25日，加入中英大学工程教育与研究联盟。 2017年6月21日，同济大学国际足球学院成立。 2017年9月，同济大学入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校名单。
学术研究
科研成果
截至2014年12年，学校承担了一系列国家重大专项、重大工程科研攻关，取得了大跨度桥梁关键技术、结构抗震防灾技术、城市交通智能诱导、城市污水处理、新能源汽车研发、国产化智能温室、大洋钻探、心房颤动分子遗传学等标志性科研成果。一系列高水平研究成果发表于全球顶级学术期刊《Science》、《Nature》与《Reviews of Modern Physics》；同济大学有22位教授担任“973计划”项目（含重大科学研究计划）首席科学家，其中《大跨、高墩桥梁抗震设计关键技术》荣获2009年国家科技进步一等奖，《心房颤动分子遗传学和细胞电生理学研究》和《特大桥梁颤振和抖振精细化理论》分获2005、2010年国家自然科学二等奖。
2012年，同济大学国家863牵头课题启动11项，合同经费近1.3亿 元；全年进校科研经费11.2亿元，比2011年同期增长10%，其中纵向8.6亿元；主持和参与国家重大专项、科技支撑、中央部委以及上海市科委等课题200余项，合同经费达4.3亿元。国家自然科学基金项目获批441项，其中重点项目8项，2000万以上重大研究计划集成项目2项，项目获批数全国排名从第11位上升到第8位，获批经费3.1亿元，比2011年年增长63%；获国家社科基金项目20项，其中国家社科基金重大项目取得突破，共获3项，其中重点项目2项；获省部级各类基金项目41项，其中上海市哲学社科规划项目19项、教育部高校人文社科项目10项。
2005年开始，同济大学与地方政府联合推动建设“环同济知识经济圈”，产值从初期2005年的不足30亿元发展到2013年的220多亿元，开创了“三区融合，联动发展”校地合作的典范；2010年上海世博会从申办、筹备到举办，同济大学就有2800多名师生参与其中，承担了科技部和上海市世博科技专项等研究课题170多项，完成各类规划、设计任务90多项，并承担了世博主题演绎总策划、世博会园区总规划、城市最佳实践区总策划、世博总体项目管理总负责等8个方面的总负责重任。
科研基地
截至2018年6月，拥有3个国家重点实验室、1个国家工程实验室、1个国家协同创新中心、1个国家大型科学仪器中心、2个国际合作联合实验室、5个国家工程（技术）研究中心以及39个省部级重点实验室和工程（技术）研究中心。
此外，在国务院2013年1月16日讨论通过的《国家重大科技基础设施建设中长期规划》中，由同济大学领衔，经2011年总体专家组评审获得第一名的“国家海底长期科学观测系统”项目建议又被列为中国十二五期间优先安排的16个国家重大科技基础设施建设项目的首位。
| 基地类型 | 平台或基地名称 |
| 国家重点实验室 | 土木工程防灾国家重点实验室 |
| 污染控制与资源化研究国家重点实验室 |
| 海洋地质国家重点实验室 |
| 国家专业实验室 | 城市规划与设计现代技术国家专业实验室 |
| 国家工程实验室 | 新能源汽车及动力系统国家工程实验室 |
| 陆地交通气象灾害防治技术国家工程实验室 |
| 电子商务交易与服务技术国家工程实验室 |
| 国家级研究中心 | 城市污染控制国家工程研究中心 |
| 国家土建结构预计装配化工程技术研究中心 |
| 国家磁悬浮交通工程技术研究中心 |
| 有机固体废弃物资源化国家地方联合工程研究中心 |
| 国家燃料电池汽车及动力系统工程技术研究中心 |
| 国家设施农业工程技术研究中心 |
| 省部重点实验室 | 道路与交通工程教育部重点实验室 |
| 长江水环境教育部重点实验室 |
| 先进土木工程材料教育部重点实验室 |
| 心血管基础研究教育部重点实验室 |
| 嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室 |
| 岩土及地下工程教育部重点实验室 |
| 先进微结构材料教育部重点实验室 |
| 高密度人居环境生态与节能教育部重点实验室 |
| 上海市金属功能材料开发应用重点实验室 |
| 上海市结核病（肺）重点实验室 |
| 上海市特殊人工微结构材料与技术重点实验室 |
| 桥梁结构抗风技术交通行业重点实验室 |
| 现代工程测量国家测绘局重点实验室 |
| 上海市地面交通工具风洞重点实验室 |
| 上海市信号转导与疾病研究重点实验室 |
| 省部级研究中心 | 教育部土木信息工程研究中心 |
| 教育部企业数字化技术工程研究中心 |
| 教育部新能源汽车工程研究中心 |
| 教育部建筑钢结构工程研究中心 |
| 教育部设施农业网上合作研究中心 |
| 教育部道路交通安全与环境工程研究中心 |
| 教育部城市环境可持续发展研究中心 |
| 上海建设机器人工程技术研究中心 |
| 上海市电动汽车工程技术研究中心 |
| 高等学校学科创新引智计划 | 海洋地质科学创新引智基地 |
| 节能与环保汽车创新引智基地 |
| 污染控制与资源化创新引智基地 |
| 土木工程防灾减灾创新引智基地 |
| 2011协同创新中心 | 智能型新能源汽车协同创新中心 |
学术资源
《同济大学学报（自然科学版）》
该刊以报道同济大学土木建筑、交通运输、环境及节能、车辆工程等学科领域最新的研究成果为主，业已形成鲜明的同济特色。2012年12月，中国科技信息研究所在京发布了2012年中国科技期刊引证报告，报告显示：在中国71种理工科大学自然科学学报中，同济自然版学报学术影响力综合评价指标为70.2，首次超过《清华大学学报（自然科学版）》，排名全国第一。
该刊2002年入选“中国期刊方阵双百期刊”；2003年荣获“第二届国家期刊奖百种重点科技期刊”；2004年荣获“教育部优秀科技期刊一等奖”；2005年荣获“第三届国家期刊奖百种重点科技期刊”；2006年被评为“首届中国高校精品科技期刊”；2007年入选“第六届中国百种杰出学术期刊”；2008年被评为“第二届中国高校精品科技期刊”，入选“2008年中国300种精品科技期刊”；2009年荣获“第四届华东地区优秀期刊奖”；2010年被评为“第三届中国高校精品科技期刊”，入选“2010年中国百种杰出学术期刊”；2011年入选“2011年中国百种杰出学术期刊”，入选“2011年中国300种精品科技期刊”。
《城市规划学刊》
创办于1957年，前身为《城市规划汇刊》，是国内最早的城市规划学术期刊。该刊是中国城市规划学科最具影响力和权威性的学术期刊之一。由教育部主管，同济大学主办，是国家建筑类中文核心期刊，中国科技核心期刊，中国人文社会科学核心期刊，中国科技论文统计源期刊，中文社会科学引文索引来源期刊，美国国际CODEN中心授予国际刊名代码。
《德国研究》
1986年创刊，研究对象以德国为主、兼顾欧盟的综合性学术理论期刊。该刊所刊登的文章经常被中国人大报刊资料中心下属的各类刊物全文转载，并被《中国学术期刊网络出版总库》和《中国核心期刊（遴选）数据库》收录。2008年起它入选为《中文社会科学引文索引》（CSSCI）来源期刊。1994年第8期《今日中国》杂志（德文版）还专门介绍了《德国研究》杂志的情况。
《城市轨道交通研究》
1998年创刊，中国城市轨道交通领域内首家公开出版的科技期刊。是中国科技核心期刊。
《力学季刊》
1980年创办并公开发行。该刊自1993年起连续被选为国家科委中国科技论文统计源期刊；被《中文核心期刊要目总览》选为核心期刊；是同济大学、上海交通大学和上海力学学会主办的工程力学学科的学术刊物。
《岩土工程师》
1980年创刊，该刊已被维普《中文科技期刊数据库》收录，知网收录。
根据2014年8月图书馆网站显示，图书馆藏纸本图书和期刊合订本超过404万册，电子图书约 180万种，纸质中外文现刊3000多种，全文电子期刊近4万种。除此之外，图书馆还订购了各种知名的大型综合性数据库、各类权威的专业学会出版物全文数据库。
办学条件
院系设置
截至2018年6月，同济大学设有38个学院和二级办学机构，7家附属医院，6所附属中小学。有四平路、嘉定、沪西和沪北等4个校区。
学院 | 系所 |
|---|
同济大学人文学院 | 哲学系 | 历史学系 |
中国语言文学系 | 文化产业系 |
| 同济大学医学院 | 基础医学院 | 预防医学院 |
| 口腔医学院 | 临床医学一系 |
临床医学二系 | 临床医学三系 |
临床医学四系 | 临床医学五系 |
| 同济大学生命科学与技术学院 | 生物信息学系 | 生物医药与技术系 |
分子与细胞生物系 | |
| 同济大学理学部 | 海洋与地球科学学院 | 航空航天与力学学院 |
| 物理科学与工程学院 | 数学系 |
| 化学系 | |
| 同济大学经济与管理学院 | 建设管理与房地产系 | 工商管理系 |
管理科学与工程系 | 经济与金融系 |
会计系 | 公共管理系 |
同济大学法学院 | | |
同济大学政治与国际关系学院 | 政治学与行政学系 | 国际政治系 |
社会学系 | 国际与公共事务研究院 |
| 同济大学建筑与城市规划学院 | 建筑系 | 城市规划系 |
景观学系 | |
同济大学设计与艺术学院 | | |
| 同济大学土木工程学院 | 建筑工程系 | 桥梁工程系 |
地下建筑与工程系 | 水利工程系 |
结构工程与防灾研究所 | |
同济大学测绘与地理信息学院 | | |
同济大学机械与能源工程学院 | 现代制造技术研究所 | 机械设计与理论研究所 |
机械电子工程研究所 | 暖通空调及燃气研究所 |
热能工程研究所 | 制冷与热工程研究所 |
工业工程教研室 | 专业基础教学部 |
同济大学汽车学院 | | |
| 同济大学电子与信息工程学院 | 电气工程系 | 计算机科学与工程系 |
控制科学与工程系 | 信息与通信工程系 |
电子科学与技术系 | 教育技术与计算中心 |
CIMS中心 | CAD中心 |
同济大学软件学院 | | |
同济大学环境科学与工程学院 | 环境科学系 | 环境工程系 |
市政工程系 | |
同济大学材料科学与工程学院 | 水泥基材料研究所 | 无机非金属材料研究所 |
高分子材料研究所 | 金属基材料研究所 |
建筑材料研究所 | 环境材料研究所 |
材料化学研究所 | |
| 同济大学交通运输工程学院 | 道路与机场工程系 | 运输管理工程系 |
交通工程系 | 交通信息工程系 |
| 城市轨道与铁道工程系 | |
同济大学外国语学院 | 英语系 | 德语系 |
日语系 | 留德预备部 |
联邦德国研究所 | 公共英语教学部 |
同济大学马克思主义学院 | | |
| 同济大学中德学院 | | |
同济大学铁道与城市轨道交通研究院 | 机车车辆研究所 | 制动技术研究所 |
| 轮轨关系研究所 | 电力牵引控制研究所 |
| 动车技术与装备研究所 | |
历任校长
| 同济大学历任校长 |
|---|
埃里希·宝隆：1907─1909 | 福沙伯：1909—1917 | 贝伦子：1912—1919 |
沈恩孚：1917—1923 | 袁希涛：1923—1927 | 阮尚介：1917—1927 |
张仲苏：1927—1929 | 张群：1929-1929 | 胡庶华：1929—1932 |
翁之龙：1932—1939 | 赵士卿：1939—1940 | 周均时：1940—1942 |
丁文渊：1942—1944 | 徐诵明：1944—1946 | 董洗凡：1946—1947 |
丁文渊：1947—1948 | 夏坚白：1948—1952 | 薛尚实：1953—1959 |
王涛：1959—1977 | 李国豪：1977—1984 | 江景波：1984—1989 |
高廷耀：1989.2—1995.2 | 吴启迪：1995.2—2003.6 | 万钢：2004.7—2007.8 |
