上海海洋大学位于上海市军工路334号 ，学校目前有浦东新区沪城环路校区、杨浦区军工路校区、杨浦区民星路校区3个校区，根据上海高校布局结构调整规划，2008年整体搬迁至上海临港新城办学，主校区沪城环路校区占地约1600余亩，规划建设面积58.6万平方米。
2008年即将起用的1600余亩新校区，地处具有世界一流水平的生态型、智能型国际航运中心——上海临港新城，功能完备，设施先进，环境优美。现设有生命、海洋、食品、经济管理、信息、人文、工程、外国语、爱恩等12个学院；有国家级、上海市精品课程和上海市教育高地；拥有教育部、农业部级重点实验室；建有中美海洋遥感及渔业信息研究中心等一批特色实验室；拥有中国渔业发展战略研究中心、海洋文化与经济研究中心及上海市水生生物科技馆等；多媒体教学设施先进齐备，标准化学生公寓宽敞明亮，现代化科研条件装备精良，高标准运动场馆功能完善，数字化校园网络覆盖全校，图书馆藏书百万余册。
院系专业
截至2014年5月，上海海洋大学设有12个学院，设置47个本科专业及方向。
| 学院 | 专业 |
|---|
| 上海海洋大学水产与生命学院 | 环境科学、生物技术、生物科学、生物科学（海洋生物）、水族科学与技术、水生动物医学、动物科学、水产养殖学、园林 |
| 上海海洋大学海洋科学学院 | 海洋渔业科学与技术、环境工程、海洋技术、海洋技术（海洋测绘）、海洋科学（海洋管理）、海洋科学（海洋生物资源）、海洋科学（环境海洋学） |
| 上海海洋大学工程学院 | 机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、物流工程、工业工程 |
| 上海海洋大学食品学院 | 食品科学与工程、食品科学与工程（食品物流工程）、食品质量与安全、能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程、包装工程、生物技术（海洋生物制药） |
| 上海海洋大学信息学院 | 信息与计算科学、计算机科学与技术、空间信息与数字技术、信息管理与信息系统 |
| 上海海洋大学经济管理学院 | 金融学、国际经济与贸易、物流管理、物流管理（食品物流管理）、市场营销、会计学、农林经济管理、工商管理（食品经济管理） |
| 上海海洋大学人文学院 | 行政管理、行政管理（劳动与社会保障）、社会工作 |
| 上海海洋大学外国语学院 | 英语、日语、朝鲜语 |
| 上海海洋大学爱恩学院 | 信息管理与信息系统（环境信息系统）、市场营销（国际商务） |
| 注：除以上学院外，还有上海海洋大学成人教育学院、上海海洋大学高等职业技术学院、上海海洋大学国际文化交流学院 |
历任领导
上海海洋大学历任校长| 姓名 | 任职时间 |
|---|
| 张镠 | 1912-1925 |
| 侯朝海 | 1925-1929 |
| 1947-1948 |
| 1949-1951 |
| 冯立民 | 1929-1934 |
| 张楚青 | 1934-1937 |
| 方原 | 1951-1952 |
| 1952-1953 |
| 王文锐 | 1953-1957 |
| 朱元鼎 | 1957-1967 |
| 1981-1983 |
| 孟庆闻 | 1983-1985 |
| 乐美龙 | 1985-1994 |
| 陈坚 | 1994-1996 |
| 周应祺 | 1996-2004 |
| 潘迎捷 | 2004-2013 |
