1909年7月，中国高等航海教育发轫于上海，晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）监督唐文治于该学堂增设船政科(航海专科)，学制4年，开创了中国高等航海教育的先河。
1911年(宣统三年正月) 邮传部决定于上海吴淞炮台湾创建商船学校，并电令唐文治操办。
1911年8月，上海吴淞炮台湾校舍建成，该校定名为“邮传部高等商船学堂”，仍由邮传部高等实业学堂管理，学堂监督由唐文治兼任，聘夏孙鹏为教务长，上海高等实业学堂船政科划归商船学堂。
1912年1月，邮传部上海高等商船学堂改由国民政府交通部直辖，易名为吴淞商船学堂，唐文治兼任校长。
1912年3月 国民政府交通部任命原清末筹备海军大臣、海军提督萨镇冰为吴淞商船学校校长。3月15日萨镇冰到职。
1912年9月22日，吴淞商船学校迁入吴淞炮台湾新校舍，命名为国立吴淞商船专科学校。校舍占地面积约百余亩，设有实习工厂、游泳池、运动场、图书室、仪器室等。
1915年 吴淞商船学校奉国民政府之命停办，全部校舍、实习船及书籍、仪器等由海军部接收，开办海军学校。
1928年 国民政府交通部决定收回吴淞商船学校校舍，筹备恢复吴淞商船学校。
1929年9月1日 吴淞商船学校正式复校，定校名为交通部吴淞商船专科学校，校长由交通部部长王伯群兼任，杨志雄任雄副校长，主持日常校务。校舍仍为原吴淞商船学校校舍。
1929年10月8日 吴淞商船专科学校正式开学。学校将1929年10月8日定为复校纪念日。
1932年 “一·二八”事变，吴淞商船专科学校校舍被日军轰炸，学校在上海市内租屋上课。
1933年春 吴淞商船专科学校校舍修复，学校迁回，更名为吴淞商船专科学校。
1933年8月 吴淞商船专科学校奉令停办预科，改设附属高级中学。
1935年8月 吴淞商船专科学校停招附属高中新生。
1937年 日寇入侵中国，抗日战争爆发，在“八·一三”淞沪战役中，吴淞商船专科学校校舍被侵略炮火摧毁，学校被迫停办。
1939年6月，因战火内迁重庆，国民政府国防最高会议教育专门委员会决定在重庆恢复吴淞商船专科学校，改称“国立重庆商船专科学校”，隶属于教育部。
1939年11月27日 国立重庆商船专科学校于“江顺”轮举行隆重开学典礼。
1942年秋 国立重庆商船专科学校新校舍在溉澜溪落成。
1943年，国立重庆商船专科学校并入国立重庆交通大学。
1945年11月 抗战胜利后，并入交通大学的国立重庆商船专科学校师生迁回上海。
1946年10月14日，国立吴淞商船专科学校在上海东长治路505号（原雷士德工学院旧址）正式开学。至此，学校经三度停办终在上海再次复校。交通大学代管的航海、轮机两科复归于吴淞商船专科学校。
1950年9月，吴淞商船专科学校与上海交通大学航业管理系及海关总署税务专科学校海事班合并升格为上海航务学院，设航海系、轮机系和无线电专修科。
1958年，交通部决定在上海恢复上海航务学院建制，随委托上海海运局负责教室校舍等基础设施筹建工作。
1959年9月5日，学校正式开学，并命名为上海海运学院，为交通部所属，校址设于浦东大道1550号。
1961年9月，上海海运学院筹建工作初步完成，遂脱离上海海运局，由交通部直接领导，为交通部部属重点院校，党委由中共上海市委领导。建校初期设海洋船舶驾驶、轮机管理、船舶机械、港口机械等专业，并附设专业基本相同的中专部和一所普通中学。
1962年，交通部决定对所属院校进行专业调整，先后将上海海运学院海洋运输类专业调整到大连海运学院，将机械工程类专业调整到武汉水运工程学院，同时将该两校的管理和经济类专业调入上海海运学院。又在上海海运学院院陆续创办了远洋运输业务、交通财务会计、英语、法语等专业。
1966年，转变成为交通部所属以水运经济管理为主要专业的交通部重点高等院校。
1972年，先后恢复海洋运输类各专业。2000年，实行交通部和上海市双重领导、以交通部为主的领导体制，学院内部实行党委领导下的院长负责制和院系两级管理体制。
2004年，经教育部批准，上海海运学院更名为上海海事大学。同年11月19日，临港新城新校建设破土动工。
2008年10月，上海海事大学临港新城新校基本建成。校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米，绿化率52%，水域面积8万平方米。
2009年，中国高等航海教育和上海海事大学迎来她们的百年华诞，历经百年的中国高等航海教育发轫于上海。同年9月23日，吴淞商船专科学校200余名校友齐聚上海海事大学新校区，隆重纪念中国高等航海教育之源——吴淞商船专科学校建校100周年。会后举行了吴淞商船专科学校建校100周年纪念碑揭幕仪式。该纪念碑象征着吴淞商船专科学校的百年历程。
2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。
2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。
2013年，学校成立中国（上海）自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。同年4月11日，中国首个深海材料研发平台——“上海市海洋局深海装备材料与防护工程技术研究中心”在上海海事大学揭牌成立。
2014年6月，入选教育部第二批卓越工程师教育培养计划高校。
2017年8月，被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。
办学条件
院系设置
学校实行校院二级管理体制，截止至2018年，设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设徐悲鸿艺术学院）、国际教育学院、继续教育学院、科学研究院等12个二级办学部门，47个本科专业。
院系 | 专业（方向）名称 | 基本学制（年） | 专业类别 |
商船学院 | 航海系 | 航海技术 | 4 | 交通运输类 |
行政管理（海洋管理） | 4 | 公共管理类 |
轮机工程系 | 轮机工程 | 4 | 交通运输类 |
船舶电子电气工程 | 4 | 电气信息类 |
热能与动力工程 | 4 | 能源动力类 |
能源工程及自动化 | 4 | 能源动力类 |
交通运输学院 | 管理系 | 交通运输 | 4 | 交通运输类 |
物流管理 | 4 | 工商管理类 |
交通工程系 | 交通工程 | 4 | 交通运输类 |
国际航运系 | 航运管理 | 4 | 公共管理类 |
航运管理+英语 | 4 | 公共管理类 |
法学院 | 法律系 | 法学（海商法） | 4 | 法学类 |
经济管理学院 | 物流经济系 国际经济贸易系 | 经济学（海运与物流经济） | 4 | 经济学类 |
国际经济与贸易 | 4 | 经济学类 |
金融学（海运金融） | 4 | 经济学类 |
财务与会计学系 | 会计学 | 4 | 工商管理类 |
会计学（国际会计） | 4 | 工商管理类 |
会计学（ACCA课程班） | 4 | 工商管理类 |
财务管理 | 4 | 工商管理类 |
工商与公共管理系 | 工商管理 | 4 | 工商管理类 |
旅游管理 | 4 | 工商管理类 |
管理科学系 | 电子商务 | 4 | 工商管理类 |
管理科学 | 4 | 管理科学与工程类 |
物流工程学院 | 机械工程系 | 机械设计制造及其自动化 | 4 | 机械类 |
机械电子工程（港口机械） | 4 | 机械类 |
工业工程系 | 工业工程 | 4 | 管理科学与工程类 |
物流工程 | 4 | 交通运输类 |
电气自动化系 | 电气工程及其自动化 | 4 | 电气信息类 |
自动化 | 4 | 电气信息类 |
测控技术与仪器 | 4 | 仪器仪表类 |
中荷机电工程学院 | | 机械电子工程（中荷） | 4 | 机械类 |
电气工程与智能控制（中荷） | 4 | 电气信息类 |
信息工程学院 | 计算机科学系 | 计算机科学与技术 | 4 | 电气信息类 |
信息管理与信息系统 | 4 | 管理科学与工程类 |
网络工程 | 4 | 电气信息类 |
电子工程系 | 电子信息工程 | 4 | 电气信息类 |
通信工程 | 4 | 电气信息类 |
海洋环境与工程学院 | 环境与安全工程系 | 环境工程 | 4 | 环境与安全类 |
安全工程 | 4 | 环境与安全类 |
港口与航道工程系 | 港口航道与海岸工程 | 4 | 水利类 |
船舶与海洋工程 | 4 | 海洋工程类 |
| 材料科学与工程 | 4 | 材料类 |
外国语学院 | 英语系 | 英 语 | 4 | 外国语言文学类 |
英 语(翻 译) | 4 | 外国语言文学类 |
英 语(国际商务) | 4 | 外国语言文学类 |
日语系 | 日 语 | 4 | 外国语言文学类 |
文理学院 | 信息与计算科学系 | 信息与计算科学 | 4 | 数学类 |
数学与应用数学 | 4 | 数学类 |
艺术设计系 | 工业设计 | 4 | 机械类 |
艺术设计 | 4 | 艺术类 |
| 行政管理 | 4 | 公共管理类 |
历任校长
| 序号 | 名 称 | 姓 名 | 任 期 |
|---|
| 1 | （清）邮传部上海高等实业学堂船政科监督 | 唐文治 | 1909.8——1911.8 |
| 2 | （清）邮传部高等商船学堂监督 | 唐文治 | 1911.8——1912.3 |
| 3 | （民国交通部）吴淞商船学校校长 | 萨镇冰 | 1912.3——1915 |
| 4 | （民国）交通部吴淞商船专科学校校长 | 王伯群 | 1929.7——1930.9 |
| 5 | （民国）交通部吴淞商船专科学校代理校长 | 杨志雄 | 1930.9——1932.5 |
| 6 | （民国）交通部吴淞商船专科学校代理校长 | 夏孙鹏 | 1932.5——1933.1 |
| 7 | （民国）交通部吴淞商船专科学校代理校长 | 徐祖藩 | 1933.1——1934.7 |
| 8 | （民国）交通部吴淞商船专科学校校长 | 许建廷 | 1934.7——1935.1 |
| 9 | （民国）交通部吴淞商船专科学校校长 | 伍大名 | 1935.1——1936.1 |
| 10 | （民国）交通部吴淞商船专科学校校长 | 刘永诰 | 1936.1——1937.8 |
| 11 | （民国教育部）国立重庆商船专科学校校长 | 吴俊生 | 1939.9——1939.11 |
| 12 | （民国教育部）国立重庆商船专科学校校长 | 宋建勋 | 1939.11——1943.6 |
| 13 | 国立吴淞商船专科学校校长 | 周均时 | 1946.7——1949.4 |
| 14 | 国立吴淞商船专科学校校长 | 于 眉 | 1950.3——1950.9 |
| 15 | 上海航务学校校务委员会主任 | 于 眉 | 1950.9——1951.1 |
| 16 | 上海航务学校校务委员会主任 | 黄逸峰 | 1951.1——1953.3 |
| 17 | 上海航务学校校务委员会主任 | 蒲济生 | 1958.8——1959.4 |
| 18 | 上海海运学院副院长（主持工作） | 徐 健 | 1959.4——1966 |
| 19 | 上海海运学院院长 | 杨 进 | 1978.8——1979.9 |
| 20 | 上海海运学院院长 | 陈嘉震 | 1981.8——1983.12 |
| 21 | 上海海运学院院长 | 陈希群 | 1986.8——1991.12 |
| 22 | 上海海运学院院长 | 沈康辰 | 1992.1——1999.5 |
| 23 | 上海海运学院副院长（兼，主持工作） | 王宏彪 | 1999.5——2001.10 |
| 24 | 上海海运学院院长 | 於世成 | 2001.10——2004.5 |
| 25 | 上海海事大学校长 | 於世成 | 2004.5——2011.12 |
| 26 | 上海海事大学校长 | 黄有方 | 2011.12—— |
