1958年，山东中医学院创建。
1978年，学校被确定为全国重点建设的中医院校。
1981年，学校被山东省政府列为省属重点院校，被国务院学位委员会批准为全国高等中医药院校首批学士和硕士学位授予单位。
1986年，学校获得博士学位授予权。
1996年，学校经原国家教委批准更名为山东中医药大学。
1998年，学校设立首个博士后科研流动站，同年被国务院学位委员会批准为首批临床专业硕士学位授予试点单位。
2000年，学校被批准为临床专业博士学位授予试点单位。
2007年，学校由济南市历下区主体迁至长清大学科技园，是山东省唯一一所独立设置的医药科大学，教育部本科教学工作水平评估优秀学校。
2012年，学校成为山东特色名校工程首批5所应用基础型特色名校之一。
2016年，山东中医药大学设立青岛中医药科学院，下设山东中医药大学青岛研究院、山东中医药大学青岛研究生院和山东中医药大学“国医堂”。
2017年05月22日，山东中医药大学2017年本科招生计划公布，今年学校计划招生4550人，其中本科4250人，专升本300人。自今年起，学校取消专科招生计划。
院系专业
截至2018年6月，拥有28个本科专业，涉及医、理、文、工、管、法、教育等学科门类。
| 学院 | 专业 |
|---|
基础医学院 | 中医学(七)
中医学(七)(传统型中医)
中医学(七)(中西医结合)
中医学(七)(针灸推拿)
中医学(七)(医药结合)
中医学(七)(中医学)
中医学(五)
中医学(五)(中医学)
中医学(五)(全科医学)
中医学(五)(骨伤科学)
中医学(五)(中医药文献信息工程)
中医学(五)(医药法学)
中医学(五)(中西医结合)
中医学(学分互认)
中医学(专升本)
中西医临床医学本科
康复治疗学本科
中医康复保健 |
药学院 | 中药学本科 中药学本科(药学) 中药学(学分互认) 中药学(专升本) 药学本科 制药工程本科 制药工程本科(生物制药) 市场营销本科 市场营销(学分互认) 市场营销(专升本) 市场营销(运动员) 中草药栽培与鉴定本科 中药学专科 中药学互认后专科 中药资源与开发 市场营销专科 市场营销互认后专科 市场营销专科 中药经营与管理 |
针灸推拿学院 | 针灸推拿本科 针灸推拿本科(英语) 针灸推拿本科(运动医学) 针灸推拿(专升本) 针灸推拿(学分互认) 营养学(本科) 针灸推拿(专科) 针灸推拿互认后(专科) |
护理学院 | 护理学本科 护理学本科(英语) 护理学(学分互认) 护理学(专升本) 护理学(专科) 护理学互认后(专科) 护理学(专科) |
人文社科学院 | 应用心理学(本科) 法学(本科) 公共事业管理(本科) |
| 外国语学院 | 英语 |
信息管理学院 | 信息管理与信息系统(本科) |
| 理工学院 | 生物医学工程(本科)
计算机科学与技术(本科)
眼视光学(本科) |
| 体育艺术学院 | 运动人体科学(本科) |
| 国际教育学院 | |
学校领导
| 职务 | 姓名 |
|---|
| 名誉校长 | 王新陆[10] |
| 党委副书记、校长 | 武继彪 |
| 党委副书记 | 姜少华 |
| 党委委员、副校长 | 高树中 |
| 党委委员、副校长 | 田立新 |
| 党委委员、副校长 | 张成博 |
| 党委委员、纪委书记 | 邢桂强 |
| 党委委员、副校长、附属医院党委书记 | 庄严 |
| 党委委员、副校长 | 王振国 |
| 党委委员、副校长（挂职时间一年） | 赵敏 |
山东中医药大学历任校长
邹积隆：（1992至1997.6，任山东中医学院院长）；王新陆:(1997.9至2010.1任山东中医药大学校长）；欧阳兵：（2010.1到现今,任山东中医药大学校长）。张灿玾任山东中医学院院长。
