学校历史可以追溯到1905年创办的"归德府中学堂"，前身为北宋全国四大书院之首的应天书院。1901年（光绪二十七年）废科举，兴学校，诏令各省的书院改为大学堂，各府、厅、直隶州的书院改为中学堂，各州县的书院改为小学堂。1905年8月范文正公讲院改为"归德府中学堂"（简称归德中学）。
新中国成立之前，归德府中学堂曾多次更名。1949年称河南省立商丘中学。1953年迁往今商丘师范学院文化路校区。1958年曾创办商丘大学，1975年曾创办商丘师范学院，1977年恢复高考后，在商丘师范学校附设"商丘师范大专班"。1981年7月，经国务院批准设立商丘师范专科学校。1992年4月，学校更名为商丘师范高等专科学校。2000年3月，商丘师范高等专科学校与商丘教育学院合并成立了新的商丘师范学院，成为商丘唯一一所省属普通本科院校。2004年取得学士学位授予权[2]。
2016年11月，学校对全校原来的19个学院、3个教学部整合调整为21个学院。
院系专业
截至2016年11月，学校设有21个二级学院 ，72个本科专业，9个专科专业。依托学科专业优势，学校另设有北斗学院（与上海交通大学航空航天学院、上海司南卫星导航技术有限公司共建）、网络信息技术学院（与深圳华为技术有限公司共建）、中科遥感学院（与天津中科遥感集团共建）、大数据学院（与中科曙光共建）。
文学院：（本科）汉语言文学、汉语国际教育;（专科）语文教育
新闻传播学院：（本科）广播电视学、广播电视编导、播音与主持艺术
历史与社会学院：（本科）社会工作、历史学、文化产业管理
法学院：（本科）法学、思想政治教育、行政管理
经济与管理学院：（本科）经济学、国际经济与贸易、市场营销、公共事业管理、物流管理、财务管理
数学与信息科学学院：（本科）数学与应用数学、信息与计算科学、统计学;（专科）数学教育
物理与电气信息学院：（本科）物理学、应用物理学、电气工程及其自动化、电子信息工程、通信工程、自动化
化学化工学院：（本科）化学、应用化学、化学工程与工艺;（专科）精细化学品生产技术
外语学院：（本科）英语、日语;（专科）英语教育
体育学院：（本科）体育教育、社会体育指导与管理、武术与民族传统体育;（专科）体育教育
生命科学学院：（本科）生物科学、生物技术、生物工程、农学、园林、动物科学;（专科）生物技术及应用
音乐学院：（本科）音乐表演、音乐学、舞蹈编导、表演;（专科）音乐教育
计算机与信息技术学院：（本科）计算机科学与技术、信息管理与信息系统、电子商务、物联网工程
美术学院：（本科）美术学、绘画、雕塑
教育科学学院：（本科）教育学、教育技术学、小学教育、学前教育、应用心理学
环境与规划学院：（本科）地理科学、地理科学、测绘工程、城乡规划
成人教育学院
国际教育学院：（本科，国际通识课程项目）经济学、学前教育、广播电视学、视觉传达设计、环境设计;（专科，中外合作办学）应用电子技术、商务英语、美术教育、初等教育
建筑与土木工程学院：（本科）土木工程、建筑学
现代艺术学院：（本科）动画、摄影、视觉传达设计、环境设计
历任领导
历任校党委书记：
王政文（2000.3--2005.8）
赵豫林（2005.8--2010.10）
刘纯献（2010.10-- 2015.05 ）
介晓磊（2015.05至今）
历任校长：
王新民（2000.3--2005.8）
孙天华（2005.8--2010.10）
曹 奎（2010.10-- 2015.05 ）
司林胜（2015.05至今）
