1953年，原东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成。东北航海学院，源于1927年东北航警处筹办的东北商船学校；上海航务学院，其前身为上海吴淞商船专科学校；福建航海专科学校，源于陈嘉庚先生于1920年创办的集美学校实业部水产航海科，三校系晚清至新中国建立40余年间中国仅有的三所海运高等院校，时为中国唯一的高等航海学府。
1960年，大连海运学院被确定为全国重点大学。
1963年，周总理亲自批示大连海运学院航海类专业学生实行半军管。
1983年，联合国开发计划署（UNDP）和国际海事组织（IMO）在学校设立了亚太地区国际海事培训中心。
1985年，世界海事大学在学校设立分校。
1994年，经国家教委批准，学校更名为大连海事大学，江泽民同志亲笔为学校题写了校名。
1997年，被国家批准进行“211工程”重点建设。
1998年，学校的质量管理体系通过国家港务监督局和挪威船级社（DNV）的认证，成为该国第一所获得ISO9001质量管理体系认证证书和DNV三个认证规则证书的大学。
2000年12月，交通部所属大连海运学校并入大连海事大学。
2004年，学校顺利通过了教育部专家组对学校本科教学工作水平的评估检查，并获得优秀。
2006年，交通部、教育部、辽宁省、大连市就支持加快大连海事大学的建设和发展，进一步提升学校的综合实力和办学水平，达成了共建协议。通过不断地建设和发展，学校在办学规模、办学层次等方面已居于世界同类院校的前列。
2009年，学校成功举办了“中国高等航海教育暨大连海事大学建校100周年”纪念活动，李长春、张德江、刘延东、陈至立等党和国家领导人向学校致信或题词祝贺，刘延东、陈至立等党和国家领导人分别视察了学校。
2016年03月22日，中华人民共和国交通运输部党组书记、部长、部全面深化改革领导小组组长杨传堂主持召开深改组专题会，审议并原则通过《大连海事大学综合改革方案》。
2017年，学校进入国家“一流大学和一流学科”建设高校行列。通过不断地建设和发展，学校在办学规模、办学层次等方面已居于世界同类院校前列。
截至2018年6月，7个一级学科博士学位授权点、20个一级学科硕士学位授权点、7个博士后流动站，拥有8个硕士专业学位授权类别（其中工程硕士涵盖14个工程领域，翻译硕士涵盖2个翻译领域）。学校现拥有2个国家重点学科，14个省部级重点学科，2个省重点培育学科，工程学科进入ESI全球前1%。
交通运输工程博士后科研流动站
船舶与海洋工程博士后科研流动站
信息与通信工程博士后科研流动站
法学博士后科研流动站
管理科学与工程博士后科研流动站
计算机科学与技术博士后科研流动站
国家级：交通信息工程及控制、轮机工程
省部级：计算机应用技术、交通运输规划与管理学科、交通信息工程与控制、轮机工程、环境科学等
