1921年，江西公立医学专门学校成立，为南昌大学医学院前身，何焕奎任首任校长。
1940年国立中正大学成立，1949年5月南昌解放，国立中正大学改名为国立南昌大学，并入江西工专、农专、水专、体育师范专科，由中南区教育部直接领导，经费也由中南教育部直拨。
1952年，教育部根据以“培养工业建设和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合性大学”的方针，开始大规模的院系调整。在江西，1952年南昌大学农学院首先分出，独立设置江西农学院，并入南昌农专、江西兽专，院址迁南昌县莲塘。同年，南昌大学工学院采冶工程科、农业工程科、水利工程系科分别并入中南矿冶学院（现中南大学）、华中农学院（现华中农业大学）和武汉水利电力学院（现武汉大学）。
1952年底，中南教育部在武汉召开全区高等院校院系调整会议，南昌大学由党组书记、秘书长魏东明带队，工学院副院长王修寀、总务长戴鸣钟、副教务长谷霁光以及会计科科长欧阳侃随同前往。这次会议由中南教育部副部长徐懋庸主持，中南局宣传部部长赵毅敏作政治报告，主要讲过渡时期总路线。然后讨论院系调整方案，提出取消湖南、广西、南昌三大学校校名，在湖南、广西、江西三省独立设置师范院校。
这次会议后，南昌大学即进入紧张的院系调整阶段，成立了中南区高等院校院系调整委员会南昌分会，吕良、刘乾才、魏东明等14人为委员。按照调整方案，南昌大学工学院机械工程系科、电机工程系并入新成立的华中工学院（现华中科技大学）；土木工程系科并入新成立的中南土木建筑学院（现湖南大学）；化学工程系科并入华南工学院（现华南理工大学）；理学院物理系、化学系，文法学院文史系、俄文系科并入武汉大学；数学系、生物系并入中山大学；经济系并入新成立的中南财经学院（现中南财经政法大学）；教育系和师范部教育科、生物科并入湖南师范学院（现湖南师范大学）；史地科地理组并入华南师范学院（现华南师范大学）。同时，以体育专修科和师范部体育科为基础成立中南体育学院，院址暂设南昌大学原址。1955年迁武汉。院系调整期间，邵式平省长请示中央同意，一是将原拟成立江西师专改为江西师范学院，二是保留生物科。
1958年，江西工学院和江西大学成立，1962年江西师院生物系并入江西大学，1965年，江西大学和江西工学院均初具规模，江西大学设7个系、12个专业和瑞金分校；江西工学院设4个系、9个专业，1985年江西工学院更名为江西工业大学，江西大学和江西共青垦殖场联合创办了江西大学共青学院。1993年江西大学与江西工业大学合并组建成新的南昌大学，同年成为江西省第一个博士授予单位。1997年，南昌大学正式列入国家“211”工程重点建设大学。2002年12月29日，南昌大学前湖校区奠基。2004年，江西省人民政府、教育部签署协议，南昌大学实行省部共建。2005年，南昌大学与江西医学院正式合并组建新南昌大学，学校步入一个崭新的发展阶段。
2008年5月16日，奥运圣火在南昌大学前湖校区传递，这是全球前几次在大学校园内传递奥运圣火。10月6日，南昌大学太阳能光伏学院成立，这是中国第一所在大学设立的光伏学院。 2009年9月9日，全运会圣火在南昌大学进行传递，这是在江西境内唯一的传递地点，是继奥运圣火之后又一大盛事。2011年5月4日南昌大学迎来建校90周年庆典，部、省领导和南昌大学知名校友到场庆祝昌大九秩华诞。
2017年9月，入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校。
2018年2月，入选江西省首批大众创业万众创新示范基地。
2019年2月，南昌大学被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。
| 南昌大学党委历任领导 |
| 党委书记 | 周绍森（1993.04--2002.12）[5] | 郑克强（2007.02--2010.04） |
| 党委副书记 | 潘际銮（1993.04--2002.12） | 蒋如铭（1993.04--1994.03） |
| 熊大成（1993.04--1997.11） | 姚亚平（1994.11--2000.06） |
| 陈东有（2002.12－2003.07） | 李水弟（1999.12--2004.09） |
| 程样国（2005.07－2010.02） | |
| 党委委员 | 周绍森（1993.04--2002.12） | 潘际銮（1993.04--2002.12） |
| 蒋如铭（1993.04--1994.03） | 熊大成（1993.04--1997.11） |
| 姚亚平（1994.11--2000.06） | 李嗣垦（1993.04--1996.09） |
| 熊耀祖（1993.04--2002.12） | 潘传康（1993.04--1996.09） |
| 黄汝为（1993.04--1995.01） | 何小江（1993.04--2000.03） |
| 王振东（1993.04--1999.05） | 吴志强（1993.06--1998.04） |
| 游海（1995.06--2002.12） | 陈东有（2002.12－2003.07） |
| 李水弟（1999.12--2004.09） | 刘三秋（2002.12--2005.11） |
| 甘筱青（1998.10--2007.03） | 扶名福（1998.10--2009.05） |
| 程样国（1998.09--2010.02） | 傅克刚（2005.07--2010.01） |
| 高国兰（2005.07--2010.03） | 郑克强（2007.02--2010.04） |
| 易敬林（2011.08--2013.02） | |
| 南昌大学行政历任领导 |
| 校长 | 潘际銮（1993.04--2002.12） | |
| 常务副校长 | 李嗣垦（1993.04--1996.09） | 熊耀祖（1997.11-2002.12） |
| 副校长 | 潘传康（1993.04--1996.09） | 熊耀祖（1993.04--1997.11） |
| 黄汝为（1993.04--1995.01） | 何小江（1993.04--1994.11） |
| 王振东（1994.11--1999.5） | 吴志强（1993.6--1998.04） |
| 胡振鹏（1996.09--1997.11） | 游海（1995.6--2002.12） |
| 邵鸿（2000.01--2006.07） | 刘三秋（2002.12--2005.11） |
| 甘筱青（1998.10--2007.03） | 扶名福（1998.10--2009.05） |
| 程样国（1998.09--2010.02） | 傅克刚（2005.07--2010.01） |
| 高国兰（2005.07--2010.04） | |
| 纪律检查委员会书记 | 王振东（1993.04--1994.11） | 何小江（1994.11--2000.03） |
| 巡视员 | 邹良志（2005.07--2008.05） | |
| 校长助理 | 李建民（2001.01--2002.12） | 徐求真（2004.07--2007.03） |
| 王玉芝（2004.07--2007.03） | |
| 总会计师 | 黄新建（2007.06--2014.02） | |
