1953年，中共江西省委、省人委批准创办江西中医进修学校，校址设在南昌市应天寺，这是江西历史上第一所由国家开办的中医学校，使江西中医教育正式纳入国民教育体系。
1958年7月，经江西省人民委员会批准，更名为江西中医专科学校，校址设在章江路45号。在此基础上，
1959年5月19日，经江西省人民委员会批准，江西中医学院正式宣告成立，招收中医本、专科生，学制为五年、三年。此后，中医学院在重点发展本科教育的同时，根据社会的需要，先后举办过中医专科班、中医进修班、师资培训班、西中班、中医函授和夜大，并开展科学研究。
1960年3月，学院中医进修函授部改为中医函授大学。
1969年5月，根据江西省革命委员会政治部的要求，江西中医学院与江西医学院合并为江西医科大学，江西中医学院教职工和全部资产一并划入江西医科大学，校址在原江西医学院内。
1970年2月，江西医科大学搬迁至江西吉安地区青原山办学，1972年2月，迁回南昌市，在江西医学院原校址继续办学。
1973年3月，经国务院批准，江西省革命委员会同意在江西药科学校基础上恢复江西中医学院，属江西省人民政府领导，校址设在南昌市阳明路校区。恢复后，在改善办学条件的同时，开设了中医、药学和中草药三个专业，面向全省招收三年制学员，还不定期的举办了一些培训班、进修班和短训班，1974年7月，正式恢复函授教育。
江西中医学院于1978年2月恢复招生，开设了中医、中药和药学三个专业。
1983年4月，经卫生部科教司批准该校具有授予学士学位权。1986年12月，学院增设中医骨伤专业和针灸专业，与此同时，不断发展多层次教育，提高函授办学水平，承担了基层医药单位培训各种人才的教学任务。
1983年学院获硕士研究生招生资格，1984年9月，中药专业招收首届硕士学位研究生。1986年，获准为硕士学位授予权单位；1993年获得外国留学生和港澳台学生招生资格。
2003年，经教育部批准为联合培养博士研究生工作单位；2009年3月，成为博士学位授权立项建设单位。
2001年8月，省发改委、省教育厅同意学院成立“三独立”二级学院“抚生学院”，2002年6月，更名为江西中医学院科技学院，招收本科学生，校址设地南昌市抚生路。
2003年4月，经省政府同意，将“江西中医药高级技术学校”并入江西中医学院。同时，学校推动科研成果转化，经过多年的实践探索，逐步形成了产学研相结合的特色办学之路，教学、科研、产业相互促进、协调发展，江西中医学院制药厂就是该校教学、科研、生产“三结合”的基地。在此基础上组建的江中（制药）集团公司，位列全国中药企业销售收入50强，拥有“国家工程研究中心”、“企业博士后科研工作站”。
2013年4月18日，教育部复函江西省人民政府（教发函60号），同意江西中医学院更名为“江西中医药大学”。6月15日，江西省人民政府 （赣府字50号），同意江西中医学院更名为“江西中医药大学”。
2013年8月8日，经国务院学位委员会第三十次会议审议批准，江西中医药大学被确定为博士学位授予单位；中医学、中药学两个学科为博士学位授权一级学科。
江西中医学院历任校长
杨扶国：（1983至1996.8任江西中医学院院长）；皮持衡：（1996.8至2001.8任江西中医学院院长）；刘红宁：（2001.8至2010.2任江西中医学院院长）；傅克刚：（2010.2，任江西中医学院院长）。
