江西农业大学1905年成立源于江西高等农业学堂，本科教育起源于国立中正大学农学院。1949年更名为南昌大学农学院，1952年在其基础上组建江西农学院，1958年创办江西共产主义劳动大学总校，1968年更名为江西共产主义劳动大学。1969年江西农学院和江西共产主义劳动大学合并，1980年11月江西共产主义劳动大学更名为江西农业大学。
江西高等农业学堂时期
江西农业大学原始办学，最早可追溯到江西的蚕桑学堂。经史料考证，中国的近代农业办学是从江西开始的。1895年，中日甲午战争清政府战败后，光绪皇帝励志维新，试办实学。在湖广总督（时任两江总督）张之洞、江西巡抚德馨等人的支持下，蔡金台等人于1896年率先在江西设办蚕桑学堂，是为清中央政府批准的第一所农业学校。同年4月，江西布政使翁曾桂在南昌开办江西蚕桑局，内设江西蚕桑总学，1903年，江西蚕桑局划归江西农工商矿总局。1904年7月，送学生傅尔斌等12名去日本学习，1905年，正式成立实业（高等农业）学堂，此校为该省高等农业教育的开始。1907年江西高等农业学堂划归提学使司管理。
国立中正大学时期
江西农业大学本科教育源于国立中正大学，直属中南局，国立中正大学是抗日战争时期。创于江西抗战后方的一所综合性大学。1940年在江西泰和杏岭成立国立中正大学，校名取义中国传统文化中的重要理念“大中至正”。1949年9月，国立中正大学更名为国立南昌大学，学校仍为国立综合性大学，直属中南教育部领导。
江西农学院时期
1952年的中国高等院系调整中，在原国立中正大学农学院基础上与河南、湖南、广西三所农学院的兽医专业、江西兽医专科学校和南昌农业专科学校合并为江西农学院。首任院长为中科院学部委员杨惟义教授，是当时为数不多的由院士担任校长的高校，1969年江西农学院和江西共产主义劳动大学合并。1978年被追加为中国重点大学，并于1980年11月更名为江西农业大学。
江西共产主义劳动大学时期
1958年江西共产主义劳动大学创办。江西共大是遵循毛泽东教育思想创办的新型学校，直属国务院，是上世纪该国教育战线涌现出的新生事物。1958年8月1日，共大总校和向塘、井冈山、大茅山、油山、黄岗山、云山、南城、高安等30所分校同时举行了开学典礼，周恩来总理题写了校名。有学生11000多人。历时22年，曾创下开办108所分校的纪录。1980年改制更名为江西农业大学。
1981年，经国务院学位委员会批准，学校为首批有硕士学位和学士学位授予权单位。
2003年，学校获博士学位授予权。
院系设置
截至现设有17个学院，有全日制在校生28000余人（含独立学院）。学科涵盖农、理、工、经、管、文、法、教、艺等9大门类。有6个一级学科博士点，20个一级学科硕士点，68个本科专业。
| 院系 | 专业 | 培养方向 | 层次 |
|---|
| 农学院 | 农学 | 设施农业科学与工程方向 | 本科 |
| 农产品安全与贸易方向 |
| 农村区域规划与发展方向 |
| 园艺 | 观赏园艺方向 | 本科 |
| 绿地建植与养护方向 |
| 茶学方向 |
| 植物保护 | | 本科 |
| 动植物检疫 | | 本科 |
| 种子科学与工程 | | 本科 |
| 茶学 | | 本科 |
| 园林与艺术学院 | 林学 | 经济林培育方向 | 本科 |
| 城市林业方向 |
| 森林工程与木材科学方向 |
| 园林 | | 本科 |
| 风景园林 | | 本科 |
| 林产化工 | | 本科 |
| 城市规划 | | 本科 |
| 中药资源与开发 | | 本科 |
| 艺术设计 | 环境艺术设计方向 | 本科 |
| 动物科学技术学院 | 动物科学 | 动物营养与饲料科学方向 | 本科 |
| 现代生物技术方向 |
| 特种经济动物养殖方向 |
| 动物医学 | | 本科 |
| 动物药学 | | 本科 |
| 水产养殖学 | | 本科 |
| 工学院 | 农业机械化及其自动化 | | 本科 |
| 机械设计制造及其自动化 | | 本科 |
| 土木工程 | | 本科 |
| 交通运输 | | 本科 |
| 工程管理 | | 本科 |
| 电子信息工程 | | 本科 |
| 农业建筑环境与能源工程 | | 本科 |
| 车辆工程 | | 本科 |
| 经济管理学院 | 农林经济管理 | | 本科 |
| 工商管理 | 资产评估与管理方向 | 本科 |
| 人力资源管理方向 |
| 经济学 | 金融投资方向 | 本科 |
| 会计学 | 注册会计师方向 | 本科 |
| 国际会计方向（ACCA) |
| 国际交流项目 |
| 金融学 | 证券投资与理财方向 | 本科 |
| 国际金融方向 |
| 财务管理 | | 本科 |
| 市场营销 | 农产品营销与贸易方向 | 本科 |
| 国际经济与贸易 | 含国际交流项目 | 本科 |
| 劳动与社会保障 | 保险学方向 | 本科 |
| 人文与公共管理学院 | 汉语言文学 | 公关文秘方向 | 本科 |
| 新闻学 | | 本科 |
| 法学 | | 本科 |
| 管理科学 | | 本科 |
| 公共事业管理 | | 本科 |
| 音乐表演 | | 本科 |
| 生物科学与工程学院 | 生物工程 | | 本科 |
| 生物科学 | | 本科 |
| 生物技术 | 含国际交流项目 | 本科 |
| 制药工程 | | 本科 |
| 食品科学与工程学院 | 食品科学与工程 | 卓越工程师教育培养计划 | 本科 |
| 功能性食品研发方向 |
| 营养与食品卫生方向 |
| 食品质量与安全 | | 本科 |
| 轻化工程 | 食品添加剂方向 | 本科 |
| 粮油化工方向 |
| 生物化工方向 |
| 国土资源与环境学院 | 土地资源管理 | 土地规划方向 房地产经营管理方向 （2013年起不分方向） | 本科 |
农业水利工程
| | 本科
|
| 农业资源与环境 | | 本科 |
| 环境科学 | | 本科 |
| 环境工程 | 给排水工程方向 | 本科 |
| 地理信息科学 | | 本科 |
| 旅游管理 | 含茶文化与休闲旅游方向 | 本科 |
计算机与信息工程学院
| 计算机科学与技术
| 本科
|
网络与信息安全方向
|
多媒体与动画制作方向
|
信息管理与信息系统
| 本科 |
网络工程
| 本科 |
电子商务
| 本科 |
数字媒体技术
| 本科 |
| 理学院 | 信息与计算科学 | 本科
|
| 应用化学 | 分析测试方向 | 本科 |
| 精细化工方向 |
| 药物合成方向 |
| 外国语学院 | 英语 | | 本科 |
| 日语 | | 本科 |
| 商务英语 | | 本科 |
| 软件学院 | 软件工程 | 软件开发、嵌入式技术等四个方向 | 本科 |
| 软件工程+英语 | |
| 软件工程+会计/金融 | |
| 物联网工程 | |
| 职业师范技术学院 | 教育技术学 | | 本科 |
| 畜牧生产教育 | | 本科 |
| 文秘教育 | | 本科 |
| 应用电子技术教育 | | 本科 |
| 财务会计教育 | | 本科 |
| 应用心理学 | | 本科 |
| 成人教育学院 | | |
| 马克思主义学院 | | |
| 南昌商学院 | 独立学院 | |
