截至2014年，学校有22个省部级重点学科，5个一级学科硕士学位授权点，硕士学位授权点24个，一级学科博士学位授权点2个，博士后流动站2个，博士后创新工作站1个。
国家中医药管理局重点学科(9个):中医骨伤学、中医肺病学 、中药药理学、针灸学、药用动物学、中医心病学、推拿学、中医脑病学、内经学
吉林省中医药管理局重点学科(10个):方剂学、中药分析学、中医康复学、中西医结合临床、中医儿科学、中医内分泌病学、中西医结合基础、中医肛肠病学、中医眼科学、中医护理学
省教育厅重点学科(3个):中医学、中西医结合、中药学
一级学科博士授权点:中医学、中药学
一级学科硕士授权点:中医学、中西医结合、药学、中药学、护理学
博士后流动站:中医学、中药学
教学建设
截至2013年底，学校有"十一五"国家级特色专业建设点4个、省级特色专业建设点2个，"十二五"省级特色专业8个，国家级精品课程3门，省级精品课程13门，省优课程(校级精品课)25门。学校有省级实验教学示范中心1个。
"十一五"国家级特色专业建设点:中医学、护理学、中药学、针灸推拿学
省级特色专业建设点:制药工程、公共事业管理
"十二五"省级特色专业:中医学、中药学、针灸推拿学、制药工程、药学、药物制剂、护理学、公共事业管理
省级实验教学示范中心:中药学实验教学中心
截至2013年底，学校有省部级以上实验室、工程中心12个。其中，国家科技部规范化药理实验室1个、国家教育部重点实验室1个、国家中医药管理局三级实验室5个、国家中医药管理局重点研究室2个、吉林省科技厅重点实验室1个、吉林省发改委工程中心2个。厅局级实验室70个。
科技部--国际科技合作基地
国家发改委--长白山道地药材产业技术国家地方联合工程研究中心
国家发改委--国家中医临床研究(吉林)基地
国家发改委--长春国家生物产业基地医药中试平台
教育部--中药有效成分教育部重点实验室
国家食品药品监督管理局--国家药物临床试验机构(GCP)
国家中医药管理局三级实验室--中药化学实验室
国家中医药管理局三级实验室--中药分析实验室
国家中医药管理局三级实验室--中药药理实验室
国家中医药管理局三级实验室--中药药理实验室
国家中医药管理局三级实验室--中药动物药实验室
国家中医药管理局重点研究室--中风病破血化瘀重点研究室
国家中医药管理局重点研究室--药用动物可持续发展利用重点研究室
吉林省人民政府--吉林省人参科学研究院
吉林省科技厅--中药有效成分研究国际科技合作基地
吉林省科技厅--医药中试工程技术研究中心
吉林省科技厅--中韩传统医药研发国际科技合作基地
吉林省科技厅--吉林省中药生物大分子重点实验室
吉林省发改委--北药产业化关键技术工程实验室
吉林省发改委--吉林省现代中药工程研究中心
