1954年，黑龙江省创办中医进修学校。
1956年，牡丹江市卫生学校成立。
1958年初，黑龙江省中医进修学校与牡丹江卫生学校合并成立黑龙江省中医学校。
1959年3月，黑龙江省中医学校、哈尔滨第一卫生学校、黑龙江省祖国医药研究所及黑龙江省立医院四个单位合并成立黑龙江省卫生干部进修学院，校址设在香坊区骑兵街。7月，中共黑龙江省委批准黑龙江省卫生干部进修学院以黑龙江中医学院名义招收中医本科生，学制6年。9月13日，黑龙江中医学院正式成立并举行开学典礼。
1962年8月，学院从香坊区骑兵街迁至香坊区公滨路东端。
1965年8月14日，黑龙江中医学院首届大学生毕业。
1968年，黑龙江中医学院附属医院成立。
1972年3月8日，成立中药系。4月，成立基础医学部。
1973年10月18日，学院搬迁到现址。
1979年，首次招收20名硕士研究生。
1984年，黑龙江中医学院学术委员会成立。
1987年10月31日，召开首届教职工代表大会，出席代表107人。
1993年，全国中医专业目录修订会议在该校举行。
1996年5月3日，黑龙江中医学院更名为黑龙江中医药大学，同时获人事部、全国博士后管委会批准设立博士后流动站。
2002年，黑龙江省中医药学校并入黑龙江中医药大学。
2004年，全国首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论。
2007年，全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位。黑龙江中医药大学与英国伦敦南岸大学、哈尔滨师范大学联合在英国伦敦创办的世界首家中医孔子学院。
2008年，被确定为国家中医临床研究基地建设单位。
2009年，晋升全国精神文明建设工作先进单位。
2014年3月，美国中药联商会合作创办的黑龙江中医药大学美国分校正式成立，成为全球首个在海外开设中药学学士学位课程的机构。
2015年，荣获全国50所毕业生就业典型经验高校称号。
2016年，获批成为全国中医药文化宣传教育基地。
2017年，获批成为黑龙江省“双一流”建设高校。
2018年获批成为黑龙江省“高水平大学和优势特色学科建设高校”。
院系专业
截至2018年6月，学校下设11个学院、11个附属医院（2个直属）、1个中医药研究院、27个教学医院和70个实习基地。设有24个本科专业，涵盖医、理、文、工、管、法等6个学科门类。
其中直属附属医院为黑龙江中医药大学附属第一医院和黑龙江中医药大学附属第二医院。
本科专业
| 序号 | 专业名称 | 学制 | 学位授予门类 | 学院 |
|---|
| 1 | 医学实验技术 | 四年 | 理学 | 佳木斯学院 |
| 2 | 中医学 | 五年 | 医学 | 临床医学院 |
| 3 | 中西医临床医学 | 五年 | 医学 | 临床医学院 |
| 4 | 护理学 | 四年 | 理学 | 临床医学院 |
| 5 | 社会工作 | 四年 | 法学 | 人文与管理学院 |
| 6 | 古典文献学 | 四年 | 文学 | 人文与管理学院 |
| 7 | 市场营销 | 四年 | 管理学 | 人文与管理学院 |
| 8 | 公共事业管理 | 四年 | 管理学 | 人文与管理学院 |
| 9 | 医学信息工程 | 四年 | 工学 | 人文与管理学院 |
| 10 | 生物技术 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 11 | 应用心理学 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 12 | 制药工程 | 四年 | 工学 | 药学院 |
| 13 | 食品科学与工程 | 四年 | 工学 | 药学院 |
| 14 | 药学 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 15 | 药物制剂 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 16 | 中药学 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 17 | 中药资源与开发 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 18 | 中药制药 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 19 | 药物分析 | 四年 | 理学 | 药学院 |
| 20 | 针灸推拿学 | 五年 | 医学 | 针灸推拿学院 |
| 21 | 康复治疗学 | 四年 | 理学 | 针灸推拿学院 |
收起
专科专业
| 专业设置情况 | 所属学院 |
|---|
| 护理、中医学(美容、临床、保健、肛肠) | 临床医学院 |
| 针灸推拿、康复治疗技术 | 针灸推拿学院 |
| 中药、中药制药技术 | 药学院 |
| 医疗美容技术 | 佳木斯学院 |
