学校由王震将军于1958年主持创建并亲任校长，校址位于黑龙江省密山市裴德镇。1959年，时任农垦部部长兼八一农校校长的王震将军，给姜瑞元等在校领导来信：“决定在虎林新建农大校址。”但由于自然、资金等原因迁校计划停止。建校之初，校名为黑龙江铁道兵农垦局农业大学，期间还挂过密山农垦局农业大学。
1958年10月30日，王震将军在学校积肥现场会议上讲话说：“农学系八班要我给农大命名，还要共产主义的涵义。同志们，叫‘八一农大’行不行？”1959年6月8日，农垦部下发“关于八一农垦大学名称问题的通知”，学校正式定名为黑龙江八一农垦大学。
文革第二年，学校的一个派别组织“红色造反团”夺权成功，于1967年3月9日讲学校改名为军垦大学并成立了军垦大学革命委员会。2个月后又将学校改名为东北农垦大学。1967年4月30日，牡丹江地区革命委员会批复成立“东北农垦大学革命委员会”。
1969年9月2日，学校划归黑龙江生产建设兵团管理，不久学校被撤销。
1973年，学校复校，时名为“中国人民解放军沈阳军区黑龙江生产建设兵团农垦大学”。
1976年，兵团撤销，学校更名为“黑龙江农垦大学”。
1978年7月7日，校党委向上级要求恢复八一农垦大学校名。
1978年9月4日，省革命委员会正式批准恢复“黑龙江八一农垦大学”校名。
2003年10月迁至大庆市高新技术开发区。
办学条件
院部设置
校名
| 院部
| 专业设置
|
|---|
黑龙江八一农垦大学
| 农学院 | 农学、植物保护、园艺、园林、农业资源与环境、环境科学、种子科学与工程 |
| 工程学院 | 农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑环境与能源应用工程、交通运输、工业设计、水利水电工程、飞行技术 |
| 动物科技学院 | 动物医学、草业科学、动物科学、动物药学、 |
| 经济管理学院 | 农林经济管理、市场营销、国际经济与贸易、物流管理、人力资源管理 |
会计学院
| 会计学、财务管理、审计学
|
| 食品学院 | 食品科学与工程、食品质量与安全、食品营养与检验教育、包装工程、粮食工程
|
信息技术学院
| 电气工程及其自动化、农业电气化、计算机科学与技术、通信工程、电子信息工程 |
| 人文社会科学学院 | 政治学与行政学、公共事业管理、英语、社会工作 |
生命科学技术学院
| 生物科学、生物技术、生物工程、制药工程
|
理学院
| 信息与计算科学、应用化学 |
继续教育学院
| |
| 军事体育部 | |
| 思想政治理论课教学研究部 | |
教育教学评估中心
| |
| 学报编辑部、学术理论研究部 | |
国家杂粮工程技术研究中心
| |
| 新农村发展研究院 | |
黑龙江八一农垦大学历任校长
李健之：1985.10至1988.01任黑龙江八一农垦大学校长；王殿林：1988.01至1991.01任黑龙江八一农垦大学校长；张万双：1991.03至1993.09任黑龙江八一农垦大学校长；李云江：1993.09至1997.11任黑龙江八一农垦大学校长；翟瑞常：1997.11至2002.05任黑龙江八一农垦大学校长；徐梅：2002.05至2008.02任黑龙江八一农垦大学校长；包军：2008.03至现在任黑龙江八一农垦大学校长
