截止201年，学校有森林植物生态学、生物质材料科学与技术、东北盐碱植被恢复与重建3个教育部重点实验室，4个国家林业局重点实验室，5个黑龙江省重点实验室；有1个教育部工程研究中心，3个国家林业局工程技术研究中心，1个高等学校学科创新引智基地，有林学、森林工程、野生动物3个国家级实验教学示范中心，森林工程、野生动物2个国家级虚拟仿真实验教学中心，6个省级实验教学示范中心；有3个国家林业局生态系统定位研究站，1个省生物质能技术中试基地，1个省哲学社会科学研究基地，3个省级普通高校人文社会科学重点研究基地，2个省中小企业共性技术研发推广中心，1个省级智库；另有国家林业局野生动植物检测中心、国家林业局木工机械检测站等60个研究检测机构；有帽儿山实验林场、凉水实验林场等7个校内实习基地和296个校外实习基地。。
国家重点实验室
林木遗传育种国家重点实验室
国家地方联合工程实验室
黑龙江帽儿山森林生态系统国家野外科学观测研究站
生物资源生态利用国家地方联合工程实验室
教育部重点实验室
有森林植物生态学重点实验室
生物质材料科学与技术重点实验室
东北油田盐碱植被恢复与重建重点实验室
国家林业局重点实验室
木材科学与工程重点实验室
东北森林资源培育重点实验室
森林病虫害生物学重点实验室
野生动物保护生物学重点实验室
黑龙江省重点实验室
林木遗传育种重点实验室
木质资源材料科学与技术实验室
阻燃材料分子设计与制备
森林持续经营与环境微生物工程实验室
油田工业区生态恢复与治理研究重点实验室
黑龙江省人文社科重点研究基地
东北林业大学经济研究所
国家林业局研究中心
国家林业局猫科动物研究中心
国家林业局红松工程技术研究中心
院系设置
截止2018年5月，现设有研究生院、17个学院和1个教学部，有63个本科专业。
院系设置
东北林业大学林学院
| 东北林业大学野生动物资源学院
| 东北林业大学生命科学学院
| 东北林业大学交通学院
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东北林业大学理学院
| 东北林业大学机电工程学院
| 东北林业大学信息与计算机工程学院
| 东北林业大学园林学院
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东北林业大学材料科学与工程学院
| 东北林业大学土木工程学院
| 东北林业大学外国语学院
| 东北林业大学文法学院
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东北林业大学工程技术学院
| 东北林业大学经济管理学院
| 东北林业大学马克思主义学院
| 东北林业大学成人教育学院
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东北林业大学体育部
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