其前身是创建于1932年的甘肃学院医学专修科，1942年改为西北医学专科学校，1945年成为西北医学院兰州分院，1946年并入国立兰州大学。1954年，为响应国家大力培养专业技术人员的号召，医学院分出独立建院，成立兰州医学院。2004年，回并兰州大学，现为兰州大学医学部。
1999年，兰州医学院现设临床医学、药学、预防医学、口腔医学、护理学5个系6个专业，3个公共课教学单位，2个临床教学单位，1所成人教育学院，2所综合性附属医院，1所附属护士学校。
与中国预防医学科学院共建了中国预防医学科学院兰州分院。有21所地方、部队医院为学院的教学医院。27个学科具有硕士学位授予权。其中泌尿外科学、中西医结合学2个学科为首级重点学科，病理学、药学等2个省级重点扶持学科。
加强师资队伍建设。当年共选派12名青年教师接受了岗前培训，有31名教师出国、出省学习深造，有5名教师参加了硕士学位进修班，24名教师报考了硕士研究生。选拔留用了4名研究生，17名本科生充实了教师队伍，有16名教师晋升为正高职称，64名教师晋升副高职称。师生比为1∶9.6，教师年龄结构、学历结构逐步趋向合理。
加强了教材的编撰工作。当年编写的教材有《医用分子生物学》、《电镜技术及细胞超微结构基础参考资料》、《口腔医学基础》、《医学实验动物学教程》等7部，参编教材多部。完成了部分教材的电视教学片的制作，当年共播放电教片296场共计7400人次。
继续实施专业改造。将三年制药学专科改造为四年制药学本科，招收药学本科学生75名。有16名专科学生经过德、智、体全面考核后进入临床医学、药学等4个专业本科学习。积极响应国家扩招精神，做好扩招的准备工作，1999年共完成招生任务860名，比1998年扩招150名学生。
健全教学质量监控制度。为保证教学质量，学院通过健全教学督导制度、集体备课、考教分离、教案评比、教学评估等制度对教学质量进行监控，取得了较好效果。在基础部举办的首次教案评比活动中，参展教案90份，经过以教学督导组为主的专家组的评比，共评出优秀教案28份，先进集体1个。体育教学在自评的基础上通过了省级评估验收。
加强了学生外语和计算机教育。通过多种方式鼓励学生掌握好一门外语，精通计算机技能。在全省"神速杯"计算机程序设计竞赛中有3名学生获得程序组二等奖，2名学生获得三等奖，计算机等级考试通过率为52. 4%，位列省属高校前列。英语四级通过率为35.5%。
加大教学设备的投入。为药学系投入30万元经费购置了大量仪器设备，使药学系多年来设备老化，仪器短缺的状况初步得到缓解;基础部投资36万元建成了3个多媒体实验室，安装了18个生物信号处理系统(含计算机)，3台彩电和3台打印机.3个实验室互联成网。更换桥式组合课桌486套，安装玻璃钢课桌80套，改善了学院的教学环境。
加强考风建设。制订了《加强考风考纪的补充规定》，并对16名违纪、违规学生给予了勒令退学的处分，7名学生被留级，起到了很好的惩戒作用。严肃了考纪，端正了考风。
成人教育不断发展。各类成人学生已达3100多人，有5个协作办学单位，4所学生实习医院。
