仰恩大学始建于1987年，由爱国华侨吴庆星先生家族独资创办的仰恩基金会投资创建的，经国家教委批准为全日制普通高等学校。
仰恩大学从初创至今，经历了二个发展时期。第一个发展时期为“捐资公办时期”；第二个发展时期为“独资私办时期”。
捐资公办时期（1988年6月至1994年6月）
仰恩大学在捐资公办暑期又经历了三个发展阶段：
1. 第一阶段（华侨大学仰恩学院1988年6月至1989年6月）
学校由吴先生家族独资创办的仰恩基金会出资兴建，实行由福建省教育委员会和华侨大学联合办学，共同管理的管理体制，定名为华侨大学仰恩学院。在该阶段，仰恩学院虽然名义上是华侨大学属下的一所学院，但具有完全独立性。在校生发展规模定为600人。
2. 第二阶段（仰恩学院1989年8月至1992年3月）
1989年8月国家教委同意仰恩学院脱离华侨大学独立办学，学校名称为仰恩学院（正厅级），由福建省省委、省政府配备学校领导班子与教职员工，福建省教委直接管理。仰恩基金会将学校全部校产捐赠给福建省政府。
3. 第三阶段（仰恩大学1992年3月至1994年6月）
1992年3月国家教委下文给福建省政府称“经国务院批准，同意你省在仰恩学院基础上建立仰恩大学”，“由吴庆星先生捐资兴建，国家办学，福建省人民政府领导。”学校计划规模暂定2000人。在此发展时期，学校设有动物科学系、土木工程系、英语系和机械制造系等4个系，其中动物科学系是福建省重点学科。
独资私办时期（仰恩大学从1994年7月开始）
1993年国家教委专程派员来仰恩基金会，建议吴先生独资办学，把仰恩大学办成一所作为国家教育改革试点的私立大学。随后，福建省省委、省政府也多次来仰恩基金会，先是向吴先生提出联合办学的设想，但未果。接着又向吴先生建议，为着国家教育改革，把仰恩大学办成私立大学，作为国家教育改革的试点。福建省政府把吴先生捐赠的校产全部归还给仰恩基金会。私立仰恩大学接收过来的学生仅100余人，其中大专生和委培生各50多人。
2008年以良好的成绩通过教育部本科教学工作水平评估，成为福建省第一所通过本科教学工作水平评估的民办高校。
院系专业
根据2015年1月学校官网，仰恩大学有8个教学学院（系），5个直属系部，34个本科专业，涵盖经、管、文、法、工、理、哲七大学科门类。
管理学院
| 文化产业管理、信息管理与信息系统、物流管理、工商管理、市场营销（互联网营销管理方向）、行政管理、人力资源管理、公共事业管理 |
| 会计学院 | 会计学，审计学，财务管理 |
| 经济学院 | 金融学、国际经济与贸易学、经济学、财政学、保险学、统计学 |
| 工程技术学院 | 计算机科学与技术、电子信息工程、信息管理与信息系统、网络工程，通信工程、电气工程及其自动化 |
| 人文学院 | 新闻学、广告学、广播电视新闻学、文化产业管理学和汉语言文学、对外汉语、哲学 |
| 外国语学院 | 英语系 |
| 政法学院 | 社会工作、法学
|
| 数学系 | 数学与应用数学、信息与计算机科学 |
