1954年，创建中国人民解放军第8炮兵预备学校。
1956年，更名为中国人民解放军第三军械预备学校，位于新乡。
1961年，解放军后勤学院(营房系、油料系)、装甲兵工程学院(汽车系)、解放军炮兵工程学院(步兵武器设计科)、第三军械预备学校合并，组建中国人民解放军后勤工程学院。
1969年，通县军械学校、南京军械学校、沈阳后勤技术兵学校并入，并与本身的轻武器系组建成为学校的军械训练大队。
1969年，更名中国人民解放军后勤高级专科学校。
1973年，后勤高级专科学校(军械系/军械训练大队)分出，改建军械技术学校；
1974年7月，后勤高级专科学校军械训练大队划归石家庄军械技术学校)，后成为军械工程学院。
1973年，后勤高级专科学校(汽车系)分出，参与组建解放军运输技术学校，后成为军事交通学院。
1975年，升格中国人民解放军后勤工程学院。
2009年，后勤工程学院整体搬迁至重庆大学城新校区。
院系专业
截止2014年，学院设军事建筑与环境工程、军事土木工程、营房管理工程、后勤自动化工程、油料管理工程、军事油料应用工程、军事供油工程7个系和1个基础部。
系部名称
| 专业
|
|---|
| 军事建筑与环境工程系 | 环境工程、国防建筑学 |
| 军事土木工程系 | 土木工程 |
| 营房管理工程系 | 通风空调与给排水工程、管理工程(营房管理) |
| 后勤自动化工程系 | 指挥信息系统工程、电力工程及其自动化 |
| 油料管理工程系 | 军事物流、管理工程(油料管理) |
| 军事油料应用工程系 | 油料储运工程 |
| 军事供油工程系 | 军用油品工程、油料管线指挥 |
| 基础部 | 军队指挥类(合训) |
