1909年，游美学务处在北京设立，同时开始筹建附设肄业馆，总办周自齐，招考第一批庚款直接留美生，录取梅贻琦等。1910年，招考第二批庚款直接留美生，录取竺可桢、赵元任等。1911年，游美肄业馆更名清华学堂，并首次开学，是由美国“退还”的部分“庚子赔款”建立的留美预备学校。[1]
1912年，更名为清华学校，裁撤游美学务处；唐国安担任首任校长，周诒春为教务长，在校生约500人，教员30余人，以“培植全材，增进国力”为宗旨培养“领袖人才”。
1914年10月，美国建筑师墨菲与丹纳为学校指定校园规划，布置留美预备学校和综合大学。1916年至1920年，建成图书馆、体育馆、科学馆、大礼堂等早期建筑。
1919年5月4日，五四运动爆发，城内十多所学校示威游行。清华学生组织演讲、会见公使、致电巴黎和会；9日，校内挂半旗，全体同学在体育馆举行“国耻纪念会”，并焚烧校内日货。
1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，清华学术得到空前发展。
1925年春，成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师。从派遣留学逐步转为培养本国人才，始创四年制本科教育，分文、理、法三院。
1928年，南京国民政府取代北洋政府掌控北京后，任命罗家伦为校长，易名“国立清华大学”，任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改，延请了蒋廷黻，张奚若、萧公权，冯友兰、张子高等几十位著名教授。
1929年4月，罗家伦因查出清华基金帐目亏空，要求改革，与清华大学董事会发生矛盾，提出辞职。
1930年5月20日，学生代表大会驱逐罗家伦校长，后阎锡山所任乔万选遭学生护校纠察队阻挡。
1931年，教育部所任校长吴南轩独揽大权、蔑视教授人格，携印入城，断绝学校资金并暗示武力解决，学生护校委员会和教授会迫使教育部将其撤职；10月14日，任命梅贻琦为校长，其在任17年中，对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位。
1932年，设工学院。1933年开始招考留美公费生。
1936年春，清华大学决定在湖南筹设分校。2月，梅贻琦与工学院院长顾毓琇等赴湖南，与湖南省主席何健商洽。何健对清华在湘设分校表示欢迎，并希望首先筹设农学院。清华大学为稳妥起见，表示拟先设农业研究所，然后逐步改为农学院。关于校址，原拟购圣经大学旧址，后因索价60万，清华无力承担，而由何健拨长沙岳麓山空地100余亩赠与清华作为建校之用，何健与梅贻琦代表双方签订了合作协议。
1936年冬，清华秘密运送一批图书、仪器到汉口，每批10列车，每车约40箱。这些设备、图书，成为以后长沙临时大学、西南联合大学非常重要的教学设备，为保证联大正常的教学以及有限的科研，发挥了极为重要的作用。
1937年，抗日战争爆发后，南迁长沙，与北京大学、南开大学联合办学，组建国立长沙临时大学。
1937年10月25日，临大开学，11月1日开始上课。临大综合了清华、北大、南开原有的院系设置，设4个学院17个学系。截止到11月20日，在校学生共有1452人，其中清华学生631人、北大学生342人、南开学生147人，新招学生114人、借读生218人；教职员共有148人，其中清华73人。
临大初期，清华计划利用原来在长沙岳麓山南为特种研究所修的建筑，做暂时驻扎的打算。但1937年底，南京沦陷，武汉危急，战火逼近长沙，长沙临时大学被迫再度迁校至昆明；正如西南联大校歌中吟唱的“万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足衡山湘水，又成离别。”
1938年2月，长沙临时大学第一学期结束后，师生启程奔赴云南昆明。由于战时内地交通困难，女同学和体弱男同学由粤汉铁路到广州经香港、越南入滇，一部分同学沿湘桂公路到桂林经柳州、南宁、越南入滇；还有男同学二百余人组织了湘黔滇旅行团，栉风沫雨，行程全程3200多里，其中徒步2600多里，历时68天，横穿湘黔滇三省，完成了世界教育史上罕见的一次“长征”。时年40多岁的教授闻一多不顾体弱，毅然参加步行团；由临大抵昆明入学的学生有993人，其中清华学生481人，清华教职员共达200多人。
1938年4月2日，教育部以命令转知：奉行政院命令，并经国防最高会议通过，国立长沙临时大学更名为“国立西南联合大学” （The National South-West Associated University）。6月8日，“国立西南联合大学关防”到校，7月1日正式启用。校名中去掉“临时”二字，表明国民政府对日本侵华战争的严重性和长期性有了新的认识。
1946年，清华大学迁回清华园原址复校，设农学院。
建国初期
1949年后，校长梅贻琦等人随国民政府迁往台湾，后以新竹清华大学之名于台“复校”。清华归属中央人民政府教育部，更名“清华大学”。
1949年1月10日，北平市军管会接管清华，5月4日，成立以叶企孙为主席的校务委员会，主持校务。7月，新政协筹委会征求国旗、国徽、国歌，次年6月，营建系主任梁思成召集组建清华大学国徽设计小组，设计方案最终被采用。
1952年，全国高校院系调整，清华的文学院、理学院、法学院、农学院、航空等院系被迫割离该校而划归北京大学等校，同时吸收国内其他高校的工科院系，清华大学成为一所多科性的工科大学，重点为国家培养工程技术人才。
1952年11月，蒋南翔出任清华大学校长，积极探索符合中国国情的社会主义高等教育的办学道路，在培养又红又专、全面发展的工程技术和尖端科技人才方面成绩卓著；他提出“争取健康地为祖国工作五十年”口号，激励清华人至今。
1952年，清华着手进行“学习苏联先进教育经验”的教学改革，按计划培养技术人才，从学分制转为学年制，学制延长，建立教学大纲，翻译大量苏联教材，加强基础课，聘请苏联专家讲学。
1957年至1958年春的反右斗争中，清华571人被划右派。清华逐渐形成了“又红又专”和“德智体全面发展”的特色，从1953年起率先实行“政治辅导员”制度，让优秀学生党员“双肩挑”（专业学习和政治工作），延续至今。当时的清华被称为“红色工程师的摇篮”。
1958年后，开展教育领域“大跃进”，实行教育与生产劳动相结合、勤工俭学、教育支援农业，清华师生承担了密云水库、中国革命历史博物馆等实践工作。
文革十年
文革时期，清华大学作为文革红卫兵运动的重要摇篮，始终处于漩涡中心，在此期间学校教学秩序受到严重破坏。
1966年12月19日，经“无产阶级司令部”授意，一统清华“文革”的井冈山兵团成立，蒯大富为第一把手。12月25日，5000多师生开展“反刘少奇、邓小平”游行，即“一二·二五大行动”。1967年4月10日，召开旨在揭露刘少奇的“批斗王光美万人大会”。
1967年4月14日，因对文革一系列重大问题存在分歧，井冈山兵团分裂为“兵团总部”(“团派”)和“四一四串联队”(“414派”或“四派”)，矛盾日益激烈。5月29日晚，“414派”成立“清华大学井冈山四一四总部”，与“团派”正式对立。
1968年3月，“杨、余、傅事件”后，两派矛盾膨胀。4月23日至7月27日，两派之间爆发“百日大武斗”，动用棍棒、土枪、土炮、剧毒弓箭、地雷、手榴弹、半自动步枪、燃烧瓶、土坦克等，针对大礼堂、东区浴室楼、科学馆等进行抢占与争夺；致使18人死亡，1100多人受伤，30多人终身残疾。
1968年7月27日，中共中央派出工宣队进驻清华。“团派”袭击工宣队工人，导致5人被杀、731人受伤，震动北京城，史称“七二七事件”，直接导致毛泽东终止全国群众武斗。
1970年，开始招收工农兵学员。
1975年，邓小平主持工作后，清华党委副书记刘冰等人写信给毛泽东，斥责清华一二把手迟群、谢静宜飞扬跋扈。这被毛泽东看做“文革”翻案，加以批评，后演变为“教育革命大辩论”。12月，演变为全国性“批邓、反击右倾翻案风”运动，数十万群众和机关干部前来清华“学习”、“参观”，教学工作瘫痪，贴出十万多份大字报。
1976年10月，“四人帮”倒台。16日，中共北京市委整顿学校。次年4月29日，刘达任党委书记兼革委会主任，开始整顿领导班子、纠正冤假错案、改善教职工队伍结构，不久后取消革委会。
研究基金、海外技术许可与转让等灵活多样的合作模式，开展前瞻性、高水平的科研合作与交流。
清华大学校徽是由三个同心圆构成的圆面，外环上下是英文校名，中环左右并列着“自强不息”与“厚德载物”两个词组，它们出自《易》乾坤两卦的大象辞，这两句话最先是1914年11月5日梁启超先生到清华演讲时勉励清华学子时提出的，而校徽的原型来自清华兵操营的军旗，其后又经历多次更改（详见扩展阅读中的清华校徽链接内容）。该校徽于2003年12月学校以“清华老校徽图案”申请注册教育服务类商标，并于2006年4月获批。
1923年前后，清华大学公开征集校歌，最终采用了汪鸾翔先生用文言文写成的歌词，并由何林一夫人张慧珍（也做张慧真）女士谱曲。于1924年03月18日全体练习试唱，03月20日在大礼堂正式合唱，刊载于1924年03月27日《清华周刊》。为帮助学生理解，汪鸾翔于1925年秋在《清华周刊》上发表了《清华中文校歌之真义》，将校歌逐段作了解析。
歌词（汪鸾翔词 何林一夫人曲） |
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（一） 西山苍苍，东海茫茫，吾校庄严，巍然中央， 东西文化，荟萃一堂，大同爰跻，祖国以光。 莘莘学子来远方，莘莘学子来远方， 春风化雨乐未央，行健不息须自强。 自强，自强，行健不息须自强！ 自强，自强，行健不息须自强！ | （二） 左图右史，邺架巍巍，致知穷理，学古探微， 新旧合冶，殊途同归，肴核仁义，闻道日肥。 服膺守善心无违，服膺守善心无违， 海能卑下众水归，学问笃实生光辉。 光辉，光辉，学问笃实生光辉！ 光辉，光辉，学问笃实生光辉！ | （三） 器识为先，文艺其从；立德立言，无问西东。 孰介绍是，吾校之功，同仁一视，泱泱大风。 水木清华众秀锺，水木清华众秀锺， 万悃如一矢以忠，赫赫吾校名无穹。 无穹，无穹，赫赫吾校名无穹。 无穹，无穹，赫赫吾校名无穹。 |
清华大学始于1911年04月26日由庚子赔款建立的留美预备学校，但是，这一准确日期还是存在争议的，另外为尽量不影响教学秩序，于是学校定为每年四月的最后一个星期天为清华校庆日。
清华以紫荆和丁香为自己的校花，校旗亦为紫白两色组成，以紫色为主。紫色由红、蓝两色混合而成，红色是火焰，是中国的国色，蓝色是海水，是西土的象征，红蓝相融亦蕴含着中西文化的会通，亦是清华的历史与文化的特征。
自强不息 厚德载物
1914年，梁启超先生到清华以“君子”为题做演讲，以儒家经典《周易》“乾”、“坤”二卦的象辞“天行健、君子以自强不息；地势坤、君子以厚德载物”为中心内容激励清华学子发奋图强。此后，学校即以此八字尊为校训，制定校徽。1917年，修建大礼堂即以巨徽嵌于正额，以壮观瞻，同时期产生的校徽中也已有此八字。
行胜于言
该四字来源于1920级毕业纪念物——位于大礼堂前草坪南端的日晷上的铭言。
严谨、勤奋、求实、创新
清华校友总会的前身是清华学校留美同学会和清华同学会。 清华学校留美同学会是1913 年夏天发起成立，以振作校风，联络情谊为宗旨。在总会执行部下分为美国东部和中西部两支会，到1920年回国的同学逐渐增多，在国内设立上海支会、北京支会。编制同学录，联络会员，募集捐款，赞助该校，将校中情况时常报告诸同学等等。1927年由华北支会发起，募捐购屋于骑河楼39号，创办北京清华同学会会所。清华同学会总会于1933年10月29 日在北平骑河楼清华同学会会所成立。校长梅贻琦为会长兼总干事。总会以增进该校利益，联络会员友谊，提倡互助精神为宗旨。1934年01月01日，《清华同学会总会校友通讯》创刊，后改名为《清华校友通讯》。
伴随着新中国的诞生，清华大学进入了一个历史的新纪元。1950年6月，毛泽东主席应清华师生的要求，欣然亲笔题写了校名“清华大学”。由毛主席题写的校名字样，如今已成为清华的一种特殊标志，极有代表性。毛主席亲笔题写的原件，保存在清华大学档案馆。
办学条件
院系设置
截止2017年12月31日，清华大学设有20个学院，57个系，已成为一所具有理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学和医学等学科的综合性的研究型大学。
2019年3月27日，清华大学决定成立天文系，英文名称Department of Astronomy，Tsinghua University，英文缩写DOA，纳入理学院。同时保留清华大学天体物理中心（虚体），挂靠天文系。
学科建设
截止2017年，清华大学拥有22个一级学科国家重点学科，居全国首位；此外，学校还拥有15个二级学科国家重点学科、2个国家重点培育学科，加上一级重点学科所涵盖的二级学科，共计115个国家级重点学科。
一级学科国家重点学科 | 数学 | 物理学 | 生物学 | 力学 |
机械工程 | 光学工程 | 动力工程及工程热物理 |
电气工程 | 电子科学与技术 | 药学 | 建筑学 |
信息与通信工程 | 控制科学与工程 |
计算机科学与技术 | 土木工程 | 水利工程 |
化学工程与技术 | 核科学与技术 | 生物医学工程 |
管理科学与工程 | 工商管理 | 材料科学与工程 |
二级国家重点学科 | 麻醉学 | 肿瘤学 | 妇产科学 | 内科学 |
外科学（骨外胸心外） | 影像医学与核医学 |
皮肤病与性病学 | 病理学与病理生理学 |
免疫学 | 环境工程 | 精密仪器及机械 |
分析化学 | 专门史 | 设计艺术学 | 数量经济学 |
交叉学科北京市重点学科 | 科学技术与社会 | 信息艺术设计 | 生物信息学 | |
