安徽医科大学的前身是民国15年5月由郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大的校址上(上海市沪军营)创办的东南医科大学。民国17年春,杭州广济、苏州医大和广州中法3所医学院先后改组或停办,大批失学学生流入东南医大。民国20年,学校改称东南医学院,并正式立案。院本部迁至上海真如,原校址改作附属医院。
民国26年,日军入侵,校舍尽毁,师生员工挤往在沦陷后的租界——上海萨坡赛路299号院内。院长郭琦元因担任中国红十字会救护总署负责人随军南下,学校濒于解体。在此关键时刻,众推眼科专家张锡祺教授出任院长,聘请病理学专家叶曙任教务长,他们依靠部分教授及上海、青岛等地校友,筹集资金,重建校舍,张锡祺还以自办的上海光华眼科医院营业收入贴补办学经费,使学校在条件十分艰难的情况下,得以续办。抗战胜利后,学校迁至上海南市制造局路。
民国38年5月,上海解放。东南医学院响应中共中央华东局发出的“面向农村、面向内地”的号召,于当年12月迁安徽怀远县西门岗,以原淮西中学、培德女子学校、民望医院、民康医院及省立中学等处房舍为校址,占地300亩,成为安徽省第一所高等医科院校。1951年6月22日,华东卫生部批准将该校由私立改为国立,委托皖北行署正式接管,学校直属中央卫生部领导。
1952年,学校从怀远迁到合肥市,10月改名安徽医学院。“文化大革命”期间,学校遭受到严重破坏。1968年,学校迁到凤台县农村,停止招生4年,第一附院停办,第二附院被部队占用,附院皖西分院也被国防工办接管,大批教职医护员工下放,人员流散,校舍、设备损失严重,元气大伤。1970年春,学校迁回合肥。经省革命委员会决定,蚌埠医学院、安徽中医学院、芜湖医专撤并到安徽医学院,称“安徽医学院总校”,下设蚌埠、芜湖两分校,开始招收工农兵学员,学制三年。
1973年,省委、省革命委员会决定取消“安徽医学院总校”建制,恢复蚌埠医学院,筹建皖南医学院。1975年,学校新建卫生系,设卫生专业,同年,部队归还第二附院。1976年,省委、省革命委员会决定恢复安徽中医学院,中医、药学两个系连同第二附院划给中医学院,安医只保留医疗、卫生两个系,1所附院。1978年,安徽医学院定为省属重点大学。1985年12月,根据安徽省医学教育事业的布局,安徽医学院改名为安徽医科大学。1996年6月经国家教委批准,更名为安徽医科大学 。