衢州职业技术学院于2002年1月经浙江省人民政府批准，由衢州师范学校、衢州卫生学校、浙师大衢州进修部和衢州中专（部分）合并建立。衢州师范学校的前身是创办于1912年的衢县小学教员养成所，1944年被命名为浙江省立衢州师范学校。衢州卫生学校初创于1949年，1986年重建。浙师大衢州进修部的前身是创办于1978年的衢县教师进修学校，1985年更名为衢州市教师进修学校，1987年成立浙师大衢州进修部。
浙江工业大学浙西分校溯源于1962年9月创建的衢化业余职工大学。1980年5月，衢化业余职工大学更名为衢化职工大学；1985年4月，经浙江省人民政府批准建立浙江工学院浙西分校；1993年12月，浙江工学院更名为浙江工业大学，浙江工学院浙西分校随同更名为浙江工业大学浙西分校。
2003年2月经浙江省人民政府批准，在衢州职业技术学院和浙江工业大学浙西分校基础上建立衢州学院（筹）。2003年7月，改由衢州市人民政府开办。2005年10月，学校整体迁入新校园。2010年3月经教育部批准升格更名为衢州学院。2012年6月28日，该校与浙江工业大学、浙江师范大学、杭州电子科技大学、浙江工商大学4所高校签订对口支援协议。
