学院前身是新四军游击支队随营学校，1938年11月26日创建于河南省杞县傅集，新四军游击支队司令员兼政治委员彭雪枫将军兼任校长。
1940年3月18日随营学校扩建为抗日军政大学第四分校， 彭雪枫继续兼任校长。
1944年9月11日，彭雪枫在战斗中不幸牺牲。1945年3月24日，将抗日军政大学第四分校命名为雪枫军政大学，由新四军第四师师长张爱萍兼任校长。
1946年4月，雪枫军政大学、苏中公学和华中野战军随营干部学校合并组成华中雪枫大学，由粟裕兼任校长。11月25日，由华中雪枫大学、山东军区军政学校、东江纵队以及淮南随营学校和山东军区通信学校等5个单位统一改编为华东军事政治大学，并在山东省莒南县大店举行了学校成立大会暨第一期开学典礼，中央军委任命华东军区副司令张云逸兼任校长，余立金、曾生任副校长。
1949年7月，我军胜利结束渡江战役，宁、沪、杭等大城市迅速解放，为了加速我军的干部队伍建设，中央军委决定，将前华东军事政治大学与三野军政干校合并，正式成立新的华东军事政治大学，并任命陈毅元帅兼校长和政治委员，陈士榘任副校长，钟期光任副政治委员。同年10月18日，在南京孝陵卫举行第一期开学典礼，全校教职员工达3万7千余人。
1950年6月20日，毛主席为华东军大题词:"华东军政大学日进有功，培养大批国防建设人才。"朱总司令员题词:"努力学习军事科学和革命理论，为建设近代化的强大国防军而奋斗。"
1951年1月15日，中央军委决定以华东军大主要部分改建为中国人民解放军第三高级步兵学校，由余立金任校长兼政治委员，刘清明、高锐任副校长。5月2日，"三高"升格组建总高级步兵学校，主要担负全军步兵营、团职军政指挥员培训任务。
1953年1月7日，毛主席亲自为"总高"题写训词，为学院的发展指明了方向。
1959年2月18日，军事学院留下的3个系与"总高"步兵学校合并，成立南京军事学院，"总高"成为该院的办学主体，主要担负中级指挥军官、参谋军官和外军留学生的培训任务，廖汉生、王新亭、刘浩天、张震先后担任学院院长，王平任政治委员。
1969年2月，学院撤销。
1978年1月12日，在南京军区军政干校基础上，恢复组建成立南京高级步兵学校，直属于中央军委，主要培训营、团职军政干部，中央军委任命张荣森为校长，丁秋生为政委。
1981年1月1日，学院改称南京高级陆军学校，学院的收训任务和编制体制也作了较大调整。
1986年6月9日，改称为陆军指挥学院，直属于总参谋部，成为全军唯一的一所陆军中级指挥院校。
1992年1月30日，江泽民同志为学院亲笔题词，勉励全院官兵:"学习运用毛泽东军事思想，研究解决新时期军队建设和未来作战问题。"。
1995年起，学院被总部确定为全军重点建设院校。
1999年6月，更名为南京陆军指挥学院。
2005年，学院被评为全军学员思想政治教育先进院校。
2006年，学院被评为全军教学优秀单位，被军委批准为"2110工程"二期建设的整体条件重点建设院校。
办学规模
数十年来，学院的办学条件有了明显改善，环境优雅，设施齐全。学院占地面积156万平方米，各类实验室总面积7000多平方米，校舍总面积20多万平方米。院外还有战术场、靶场和开放教学基地，建有标准化的作战实验楼，专业教学楼，多功能标准化教室，语言实验室，建成了集训练模拟、电化教学中心、教学管理、文献管理、办公自动化为一体的"园区网"，开发研制了处于领先水平的训练模拟系统等。还有图书馆，学术厅，体育馆，大礼堂，游泳池，田径场等教学，生活设施。近年来逐步加大投入，教学实验设备和训练场地建设呈现了崭新的面貌。学院图书馆藏书50多万册，全馆实行计算机流通管理。具有先进的视听、缩微、激光照排和电子阅览等设备。1996年建成的校园网，目前已具有节点近3000个，有200多个节点可与长城网联接，学院干部人均一台微机。电化教学中心内设演播室、导控室、录音室、编辑室、卫星播控室、视听室，投影片制作室等，可以同时播出几十套国内外电视节目。学院生活设施完善。小学、医院、菜市、浴池等近在咫尺，灯光球场、健身室、足球场及卡拉OK室等健身娱乐设施随时恭侯您的光临。
校园建设
自诞生以来，学院产生了一大批杰出人才和享誉全军的教学科研成果，引领了不同时期部队的作战训练改革。学院师资力量雄厚，教学生活设施完备，教育信息资源丰富，已形成了设施配套齐全、功能先进完善、技术含量高的教学科研服务保障体系。
南京陆军指挥学院从建校时，就坚持把环保作为校园建设的一个重要方面，下大力美化、净化、绿化营院。他们研究制订了《营院环境建设规划》，对营院建设进行了整体设计。学院按照这个规划建楼修路，使各种建筑搭配恰当，整齐有序。他们在房前屋后路旁大力开展植树栽花种草活动，5条主要干道两旁分别栽植了雪松、玉兰、香樟、龙柏、樱花等特色树，还在路的两侧增架路灯，布设花坛，进行美化，实现了路路绿化有特色。近3年来，学院共栽特色树12000多棵，植优质草坪3万平方米，使营区的绿化覆盖率达到了64%。学院还经常举行"爱鸟周"、"与野生动物交朋友"等活动，使爱护野生动植物成了人人的自觉行动。
证书编号规律：
毕（结）业証书编号即为注册号，使用阿拉伯数字，统 一规范为18位。
（一）普通、成人高等教育毕（结）业証书注册号由学 校或其他教育机构按以下顺序编排：前5位为学校或其他 教育机构的国标代码；第6位为办学类型代码；第7至10 位为年份；第11至12位为培养层次代码；第13位至17位 为学校对毕（结）业証书编排的序号。2002年学历证书 编号扩充至18位(但当年有部分高校仍使用17位)。
（二）高等教育自学考试及高等教育学历文凭考试毕业 证书注册号，由各省（自治区、直辖市）高等教育自学 考试委员会按以下顺序编排：第1位为办学类型代码；第 2位为培养层次代码；第3、4位为省（自治区、直辖市） 国标代码；第5、6位为地（市）国标代码；第7、8位为 县（区）国标代码；第9、10位为年度代码；第11位为上 、下半年考试考次代码；第12至16位为准考证序号代码 ；第17位为校验代码。
（三）办学类型代码：普通高等教育1；成人高等教育5 ；高等教育自学考试和高等教育学历文凭考试6；网络教 育为7。
（四）培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02； 第二学士学位04；本科05；专科（含高职）06。
毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
