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1958年8月，南京化学工业公司为了保障企业生产，承担培训和支援建设任务，建立了永利化工专科学校，由南化公司代管，当年学校参加全国高校统一招生，录取了一百名统招考生。
1959年5月，南化公司在磷肥厂教育科、永利宁厂教育科和所属工厂学校的基础上，成立南化公司化工学院。学院列入国家批准的高等学校名单，成立了相关专业的系部和教研组。
1962年秋，化工部决定撤销南化公司化工学院，南化公司化工学院并入山东化工学院（现青岛科技大学）。同年12月，技工学校迁入化工学院新校址。
1965年上半年，化工部决定南化技校并入南京动力学校，校名改为化工部南京动力分校。
1966年3月，南京动力分校从南京动力学校分立出来，改名为化工部南京化工学校。学校开展半工半读试点工作；同年6月6日，化校全面停课。
1968年，学校转化为南京化肥厂厂办校，更名为南京化肥厂化工学校。学校在经调查研究，寻找到了一条为工厂培训新工人的办学思路。学校举办了省内的氮肥厂干部轮训班和全国性的冶金部烟气制酸训练班。
1973年，化校恢复招生和上课，学校重归南化公司领导，校名改为南化公司技工学校。
1974年7月，南化公司技工学校更名为南化公司化工学校。
1975年至1978年，南化公司工人大学与化校联署办公。
1976年秋，学校开设了石油化工专业。
1977年5月，江苏省委决定，在化工学校的基础上，成立南京化工学院南化分院。学校设立了四年制本科化 机、有机、无机、仪表四个专业。
1983年5月，经省石油化学工业厅批准，南化公司化工学校更名为南京化工学校。
1987年11月，南化公司批准该校正式实行校长负责制。
1988年11月，化工部教育司委派化工中专教育质量评估小组对该校进行评估检查。
1993年7月，学校被省政府批准为省（部）级重点中专。
1994年8月，经国家教委批准成为国家级重点中专。
1998年3月26日，南化集团公司和省石化厅领导正式签署《交接协议》，学校由此划归省石化厅直接管理。
2000年5月31日，经教育部批准顺利通过省教育厅评估，成为首批国家级重点中等职业学校。
2001年6月19日，经江苏省人民政府批准，南京化工学校升格为南京化工职业技术学院，成为江苏省教育厅直管的一所普通高校。
2005年底，学院顺利通过了教育部组织的高职高专院校人才培养工作水平评估初评，并取得“优秀”成绩。
2006年6月，被确定为江苏省示范性高职院建设单位。
2006年10月，在江苏省教育厅的指导下，由南京化工职业技术学院牵头成立了江苏化工职教集团。
2007年4月1日起，学院开始实施二级管理体制。
2010年7月，学院被教育部确定为全国示范性骨干高职院建设单位。
2014年，通过国家骨干高职院校建设验收。
2015年2月16日，经江苏省人民政府同意，学院正式更名为南京科技职业学院。