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1960年，南通河运学校创建。
1961年10月，学校改为南通河运技工学校。
1964年11月，又改为半工半读中级技术学校。
1965年5月，恢复原校名南通河运学校。
1966年，由于“文革”内乱，后连续7年未招生，6年无毕业生。
1973年1月，经省革委会批准恢复招生。
1989年1月，经省人民政府批准，学校更名为江苏省南通航运学校。
1996年，学校被省教委确定为首批试办高职班的试点学校之一。
2000年10月，学校独立升格为“南通航运职业技术学院”，是第一批经江苏省人民政府批准升格的高职院之一。
2007年，学院完成老校区置换和新校区建设，并由原校址“南通市崇川区新建路1号”搬迁至现址，成为首批省示范性高等职业院校建设单位。 
2010年4月，学院被交通运输部评为交通职业教育示范院校。11月30日，学院被教育部、财政部确定为首批"国家示范性高等职业院校建设计划"骨干高职院校立项建设单位，建设期三年。
2013年5月，学院被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。
2015年，学院被评为“2015年高等职业院校服务贡献50强”。
2016年6月，学院与上海宜航共同成立宜航航空学院。
2018年4月，江苏省人民政府同意南通航运职业技术学院更名为江苏航运职业技术学院。
2019年7月，被教育部认定为国家优质专科高等职业院校。  2019年12月，被教育部、财政部列入第三类高水平专业群建设单位（B档）。 
2020年5月南通航运职业技术学院更名为江苏航运职业技术学院