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1929年7月，国民政府公布一系列法律，对高等教育制度做出规定：高等教育机关分为大学、独立学院、专科学校和研究院（研究所）四种；大学分文、理、法、教育、农、工、商、医各学院，须具三个学院以上者，才能称为大学。不足三个学院者称为独立学院。因此，福中矿务大学改为私立焦作工学院，成为全国唯一私立独立学院。
1931年中原公司再聘张仲鲁任校长。他到校后，同张清涟、任殿元、马恒员、王冠英等教授精心策划，采取措施进行整顿和改进，使学校走上扩充时期。首先，将学校校名改为私立焦作工学院。1933年，国民政府教育部员到学校视察，给学校以“不失为海内办理成绩较良的工校之一”的评价。
其次，建立起学校的规章制度，使学校管理工作走上“有章可循”的正规。其三，增设土木工程科。至此，学院设两科四系，即采矿冶金科的采矿系、冶金系；土木工程科的路工桥梁系、水利系。其四，筹措经费，扩建校舍，增添设备，使得学校得以蓬勃发展，成为建校以来的鼎盛时期。
1933年，张仲鲁改就河南大学校长，焦作工学院校董会聘请张清涟接任院长。此时，中原公司和福公司在焦作正式成立中福两公司联合办事处。但是由于中福公司管理不善已无力担负焦作工学院办学经费，准备将焦作工学院移交河南省接办。1934年，国民政府委派著名地质学家翁文灏为河南中福联合办事处整理专员。翁文灏和中福公司总工程师、矿业学家孙越崎认为焦作工学院是我国唯一的矿业最高学府，担心学校如果被地方接办，经费可能没有保障，力主公司调剂经费继续好这所矿业高等学府。
于是，他们重新修改并重新颁布《河南中福煤矿整理办法》十条。规定：“焦作工学院和中小学没有移交省县接管，教育经费仍有中福煤矿支付。”中福公司经过翁文灏、孙越崎大刀阔斧的整理，开创中福公司前所未有的黄金时代。中福煤矿的起死回生，为焦作工学院提供充足的办学经费．进入持续发展时期。

1937年7月7日，中日战争全面爆发。日军于10月14日攻占豫北重镇安阳，焦作工学院的安全受到严重威胁。为此，中福公司总经理、焦作工学院校董会董事长孙越崎 “以董事长的地位身份也要求焦作工学院将全部设备、仪器、图书、标本和实习工厂的机床等教学用具，连同教职员工和学生一并迁往西安。” 11月抵达西安后，选定临时校舍于西安端履门，并借用西安陕西省立高中部分教室及西安机械厂部分房屋恢复上课。
1938年，日本兵临西安。于是，焦作工学院决定再迁甘肃天水。同年，国民政府教育部长陈立夫宣布国立西北联合大学工学院与国立东北大学工学院及私立河南焦作工学院合并改组为国立西北工学院。”
1938年8月10日，国立西北工学院筹委会在陕西固城考院组成。经研究，并经教育部批准，院址设在陕西省城固县古路坝意大利天主教堂内；确定张清涟兼任总务主任；设土木、矿冶、机械、电机、化学、纺织、水利、航空等八个系，其中土木系以东工、北洋、焦工之土木系合组，矿冶系以北洋、焦工之矿冶系合组；在领导体制上，决定实行院长制。
经过紧张筹备，国立西北工学院于1938年孙中山诞辰纪念日举行开学典礼。西北工学院集中四校的师资、办学经验和优良传统，建立起学科比较齐全、师资队伍雄厚、西北唯一的高等工程学府，开西北高等工程教育的先河、四校的溶合不是形式的联合，而是以新的办学实体出现在我国大西北，成为抗日战争时期以至后来国家培养高等工程技术人才的重要基地。
抗日战争胜利后，合并组成的西北工学院的四所院校积极筹备复校。焦作工学院校董和毕业同学立即成立私立焦作工学院复校委员会。 1946年7月26日，经国民政府教育部和河南省政府批准与拨款，私立焦作工学院在河南洛阳关林复校，张清涟复任院长，并分期收回借给西北工学院的部分图书、仪器。复校时，有教职员27人。11月18日，张清涟院长在复校后的第一次纪念周上作报告，回顾学院的悠久历史、经济状况、校舍建设和毕业同学对国家的贡献，希望同学“提起精神，创造青出于蓝的新牌子”，建设新焦工“。1943年， 机械系合并于西北工学院。同年8月23日，中国人民解放军强渡黄河，逼近洛阳。10月6日，焦作工学院又迁至河南郑州河阳街灾重教养院为临时院址，学校陷于艰难困境。9月，焦作工学院根据教育部“积极组织师生尽快南迁”的训令，再迁江苏省苏州市平江路积谷仓，只有半数学生随迁。
1949年中国人民解放军百万雄师胜利横渡长江于4月27日解放苏州。接着，华东人民政府财办工矿部长、焦工校友柴化周代表人民政府接收焦作工学院，遂改为公立焦作工学院。5月，根据华东人民政府财办工矿部的决定，焦作工学院高年级部分学生到淮南煤矿和贾汪煤矿现场工作。从此，在旧中国历经坎坷的焦作工学院获得新生。
飘泊苏州，饱经磨难的焦作工学院师生在欢庆解放的同时，殷切盼望尽快回到焦作办学。1949年5月5日，焦作工学院致函中原人民政府呈请学校归属。随后，华北人民政府作出批复，指示“焦作工学院可搬回焦作办理，受华北高等教育委员会领导，该校教育方针应着重培养矿业人才。”并指出“你校名称今后暂定为‘焦作工学院’，在正式名称未确定前，仍暂用旧铃印，注明暂用为盼。” 9月2日，焦作工学院师生乘车北上，迁回焦作工学院原址恢复上课。至此，由私立焦作工学院改为公立焦作工学院，经费由教育部拨给。
1949年10月1日，中华人民共和国成立。12月23日，中央人民政府政务院发出政秘字141号令，决定将焦作工学院拨归燃料工业部领导。至此，燃料工业部正式接管焦作工学院。
新中国成立后，对全国高等学校院系进行调整。
1950年3月11日，燃料工业部决定将设在峰峰矿区新开办的华北煤矿专科学校并入焦作工学院。3月16日，教育部下令将焦作工学院冶金系师生并入东北工学院（今东北大学），并调张清涟院长任东北工学院冶金系主任。同年10月，张清涟院长服从国家决定，在全院师生的欢送下，带领冶金系全体师生地到东北工学院。