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1978年，经国务院批准正式成立甘肃中医学院。
1989年，学校在甘南州卫生学校藏医学专业基础上创办藏医系，逐渐发展为藏医学院。
1990年，学校增列为硕士学位授权单位。
2003年，学校获得临床医学硕士专业学位授权资格。
2001年，学校获得同等学力人员申请硕士学位培养资格。
2002年，与南京中医药大学等兄弟院校联合培养博士研究生。
2008年，增列为“高等学校教师在职攻读硕士学位”培养单位。
2009年，学校被确定为2008～2015年博士学位授权单位立项建设单位。
2010年，学校取得推荐优秀本科毕业生免试攻读硕士学位资格。
2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目。
2014年5月，省政府下发《甘肃省人民政府关于定西师范高等专科学校整体并入甘肃中医学院的实施意见》，决定将定西师专整体并入甘肃中医学院。
2015年4月28日，被教育部、国家中医药管理局批准为“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校；5月28日，根据《教育部关于同意甘肃中医学院更名为甘肃中医药大学的函》，甘肃中医学院正式更名为甘肃中医药大学