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截至2015年2月，中山大学设有42个博士学位授权一级学科点、4个博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）、52个硕士学位授权一级学科点，2个博士专业学位类别，26个硕士专业学位类别（其中工程硕士共19个领域），博士后科研流动站41个；一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科23个，国家重点培育学科6个，广东省重点学科37个（其中攀峰重点学科20个、优势重点学科17个）；在教育部学位与研究生教育发展中心于2012年组织开展的第三轮全国学科水平评估中，中山大学有16个学科进入前5，32个学科进入前10。

一级学科国家重点学科
生物学	工商管理	-----------------	-----------------
二级学科国家重点学科
逻辑学	马克思主义哲学	人类学	思想政治教育
中国古代文学	英语语言文学	中国古代史	中国近现代史
基础数学	凝聚态物理	无机化学	高分子化学与物理
人文地理学	药理学	内科学（内分泌与代谢病）	内科学（肾病）
神经病学	外科学（普外）	眼科学	耳鼻咽喉科学
肿瘤学	卫生毒理学	行政管理	-----------------
国家重点（培育）学科
中国哲学	社会学	马克思主义基本原理	光学
地图学与地理信息系统	病原生物学	-----------------	-----------------

截至2015年9月，根据美国基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI）的最新统计，在ESI数据库全部22个学科中，中山大学有17个学科进入世界前1%，入选学科数目居全国高校第3位。

数学	物理学	化学	工程学
生物与生物化学	分子生物与遗传学	植物与动物学	计算机科学
环境与生态学	微生物学	农业科学	免疫学
临床医学	药理学与毒理学	神经与行为科学	材料学
社会科学总论	-----------------	-----------------	-----------------

一级学科博士学位授权点：

哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会性、民族学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地理学、大气科学、海洋科学、地质学、生物学、生态学、统计学、光学工程、力学、材料科学与工程、信息与通信工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、特种医学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。

一级学科硕士学位授权点：

哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会性、民族学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地理学、大气科学、海洋科学、地质学、生物学、生态学、统计学、光学工程、力学、材料科学与工程、信息与通信工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、特种医学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、图书馆、情报与档案管理、植物保护、草学、核科学与技术、交通运输、化学工程与技术、水利工程、新闻传播学、心理学、教育学。

专业学位授权点：

临床医学博士、口腔医学博士、工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、公共管理硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、会计硕士、教育硕士、翻译硕士、汉语国际教育硕士、社会工作硕士、金融硕士、应用统计硕士、税务硕士、国际商务硕士、保险硕士、资产评估硕士、文物与博物馆硕士、护理硕士、药学硕士、旅游管理硕士、图书馆情报硕士、工程管理硕士、审计硕士、工程硕士。