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安徽医科大学的前身是民国15年5月由郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大的校址上（上海市沪军营）创办的东南医科大学。民国17年春，杭州广济、苏州医大和广州中法3所医学院先后改组或停办，大批失学学生流入东南医大。民国20年，学校改称东南医学院，并正式立案。院本部迁至上海真如，原校址改作附属医院。

民国26年，日军入侵，校舍尽毁，师生员工挤往在沦陷后的租界——上海萨坡赛路299号院内。院长郭琦元因担任中国红十字会救护总署负责人随军南下，学校濒于解体。在此关键时刻，众推眼科专家张锡祺教授出任院长，聘请病理学专家叶曙任教务长，他们依靠部分教授及上海、青岛等地校友，筹集资金，重建校舍，张锡祺还以自办的上海光华眼科医院营业收入贴补办学经费，使学校在条件十分艰难的情况下，得以续办。抗战胜利后，学校迁至上海南市制造局路。

民国38年5月，上海解放。东南医学院响应中共中央华东局发出的“面向农村、面向内地”的号召，于当年12月迁安徽怀远县西门岗，以原淮西中学、培德女子学校、民望医院、民康医院及省立中学等处房舍为校址，占地300亩，成为安徽省第一所高等医科院校。1951年6月22日，华东卫生部批准将该校由私立改为国立，委托皖北行署正式接管，学校直属中央卫生部领导。

1952年，学校从怀远迁到合肥市，10月改名安徽医学院。“文化大革命”期间，学校遭受到严重破坏。1968年，学校迁到凤台县农村，停止招生4年，第一附院停办，第二附院被部队占用，附院皖西分院也被国防工办接管，大批教职医护员工下放，人员流散，校舍、设备损失严重，元气大伤。1970年春，学校迁回合肥。经省革命委员会决定，蚌埠医学院、安徽中医学院、芜湖医专撤并到安徽医学院，称“安徽医学院总校”，下设蚌埠、芜湖两分校，开始招收工农兵学员，学制三年。

1973年，省委、省革命委员会决定取消“安徽医学院总校”建制，恢复蚌埠医学院，筹建皖南医学院。1975年，学校新建卫生系，设卫生专业，同年，部队归还第二附院。1976年，省委、省革命委员会决定恢复安徽中医学院，中医、药学两个系连同第二附院划给中医学院，安医只保留医疗、卫生两个系，1所附院。1978年，安徽医学院定为省属重点大学。1985年12月，根据安徽省医学教育事业的布局，安徽医学院改名为安徽医科大学。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学 。